Durante la scarcerazione dal penitenziario di Fox River, tra gli oggetti che gli vengono restituiti, Theodore "T-Bag" Bagwell trova una misteriosa lettera che contiene una foto in bianco e nero che ritrae Michael Scofield in piedi a fianco di una finestra, come se qualcuno volesse fargli sapere che è ancora vivo. La consegna così a Lincoln, il quale, anche se fa fatica a credere che suo fratello possa essere ancora vivo, decide a sua volta di andare da Sara per farla vedere anche a lei, la quale da alcuni anni si è sposata di nuovo, con Jacob Anton Ness, e con lui ha cresciuto Mike, il figlio avuto con Michael. Sara reagisce come Lincoln, ossia non credendoci, anche per il tumore al cervello che Michael aveva. Lincoln si reca anche presso la tomba del fratello e dice di essere ritornato alle vecchie abitudini, ossia a farsi prestare denaro senza sapere poi come restituirlo. Mentre si trova lì scopre che la frase scritta sul foglio che reca la foto contiene delle lettere evidenziate, che formano la parola "o-g-y-g-i-a": così fa una ricerca su Internet e il risultato gli indica un carcere a Sana'a, nello Yemen, paese in cui è in corso una guerra civile. Vorrebbe recarsi lì con Sara, ma lei si rifiuta perché deve pensare alla sua famiglia. Prima di partire, Lincoln vuole accertarsi che la tomba di suo fratello non ne contenga il corpo, per cui di notte scava nel cimitero e apre la bara, scoprendo che contiene solo una giacca, una camicia e una cravatta, posizionate tra di loro così come lo sarebbero se fossero indossate da una persona. Di giorno, mentre guida, un tizio misterioso lo segue con la propria auto e prende a distanza il controllo di quella di Lincoln in modo da provocare un incidente che lo uccida, ma Lincoln riesce a salvarsi, chiamando poi Sara per avvisarla dell'accaduto. Poco dopo una tizia misteriosa si presenta proprio a casa di Sara per cercare di uccidere lei, ma Sara chiama la polizia e non appena si sente la sirena delle auto quella persona se ne va. Scoperta la bara senza corpo, Lincoln si decide a partire per lo Yemen, e dato che non sa nulla di tale posto va a chiedere aiuto a Benjamin Miles 'C-Note' Franklin, che nel frattempo si è convertito all'Islam e sa molte cose sulle condizioni pericolose del Medio Oriente. I due misteriosi mercenari che hanno seguito Lincoln e Sara scattano una foto di Lincoln e C-Note mentre questi due sono in viaggio, e inviano la foto ad un loro contatto a Sana'a, in modo che organizzi una trappola per ucciderli, ma essi sopravvivono e poi incontrano il loro vero contatto, una donna chiamata Sheba, che baratta la visita in prigione per il passaporto americano di Lincoln. Quest'ultimo accetta e si dirige alla prigione con C-Note, dove Michael è conosciuto dalle guardie come Kaniel Outis, un terrorista. Non appena Lincoln incontra Michael, gli dice che lo avrebbe fatto evadere, ma Michael, che ha nuovi tatuaggi sulle mani, nega di chiamarsi così e soprattutto di sapere chi sia Lincoln. Subito dopo chiede ad una guardia di essere riportato in cella. Nel frattempo T-Bag viene contattato di nascosto via e-mail dal Dottor Whitcombe, direttore dell'unità protesica, che ha ricevuto da una persona anonima conosciuta solo come "Outis" ("Nessuno" in lingua greca) il pagamento per un'operazione d'avanguardia che restituirebbe a T-Bag una mano sinistra comandabile direttamente dal cervello e quindi funzionalmente indistinguibile da una mano vera. Unica condizione è che il primo beneficiario sia proprio T-Bag.