La serie è incentrata sull'ultimo attacco alla Terra da parte dei Decepticon. Il nostro pianeta è difeso dagli Autobot, comandati da Optimus Prime, i quali fanno conoscenza con alcuni adolescenti, intenzionati a salvare la terra dai nemici invasori. Megatron ritornerà poi con una nuova potente arma, l'Energon Oscuro (visto nel videogioco), prevedendo di usarlo per vincere la guerra contro gli Autobot. Dopo la morte apparente di Megatron, i Decepticon avranno un nuovo leader, Starscream, il cui percorso di conquista è analogo al percorso già intrapreso da Megatron. Gli Autobot devono cercare di fermare in tutti i modi i terribili Decepticon, pronti a conquistare l'universo nonostante la scomparsa del loro leader. Nel corso della stagione gli Autobot si faranno sia nuovi nemici che nuovi alleati. A metà della prima stagione, Megatron si risveglia dal letargo ritornando a comando dei Decepticon. Durante gli ultimi quattro episodi della stagione, gli Autobot a malincuore dovranno allearsi con Megatron per combattere contro un nuovo nemico: Unicron che minaccia l'esistenza della Terra. Unicron si scoprirà essere il nucleo del pianeta stesso, e per riportarlo in stasi Optimus utilizzerà la Matrice del Comando, e con questo sacrificio non solo perderà la sapienza dei Prime, ma anche i suoi ricordi di guerra e dei suoi compagni. Alla fine si unirà con i Decepticon al comando di Megatron riprendendo il suo vecchio nome: Orion Pax.