Il generale Zavala conduce Michael nel suo ufficio per interrogarlo ma il ragazzo nega qualsiasi coinvolgimento con le recenti tentate evasioni. Lo porta quindi in una gabbia ricoperta di plastica all'esterno in modo da costringerlo a cooperare. Lincoln viene portato via da Susan che, visti gli ultimi sviluppi gli fa vedere per pochi momenti il figlio LJ per farlo considerare ancora parte del piano. Mahone torna a Sona e l'agente Lang, prima di lasciarlo, gli regala un portafortuna che apparteneva al padre dimostrandogli il suo amore. Bellick si rifiuta di pulire il vomito di un altro detenuto e per questo Cristobel gli lancia la zampa di gallina. Sucre è costretto a portare dentro la prigione un altro pacchetto. Mentre Michael continua a sopportare il caldo asfissiante della gabbia in cui è stato rinchiuso, Whistler e Lechero continuano a lavorare per la fuga. T-Bag, intanto, ha intuito qualcosa e chiede all'australiano di prendere parte all'affare; in cambio farà modo che esca di scena Sammy che potrebbe risultare di ostacolo. Sucre, dopo aver litigato con Lincoln, viene contattato da Susan che gli offre dei soldi in cambio di informazioni su Lincoln; In realtà i due si erano messi d'accordo per avvicinarsi alla donna. Michael viene convinto dal generale Zavala a dirgli la verità: nonostante il generale si mostri inizialmente parecchio scettico, si muove per trovare conferma alle parole del ragazzo. Convoca nel suo ufficio quindi anche Whistler che è costretto a fare il nome di Gretchen Morgan per evitare di essere torturato. Grazie alla collaborazione di Lincoln, la donna viene portata a Sona dove,:dopo aver resistito da professionista ad alcune tortura non facendo altro che aumentare i sospetti del colonnello Zavala, confessa di essere semplicemente incaricata di tenere in custodia LJ e rivela il posto in cui è tenuto il ragazzo, conducendovi il colonnello. Arrivati sul posto, riesce però facilmente a liberarsi delle guardie che la tenevano e ad uccidere il generale; Subito dopo la donna chiama Lincoln. Bellick, grazie a un espediente, riesce a sconfiggere Cristobel. Mahone, in preda alla crisi di astinenza, rifiuta la droga offertagli da T-Bag. Michael e Whistler vengono a sapere della fine del Generale e sono costretti perciò a tornare in carcere dove Michael inizia ad avere ancora più sospetti sell'uomo che deve far evadere. Sammy apre il pacchetto che gli è stato mandato da Augusto e scopre al suo interno una pistola, dovendo ora scegliere se eliminare Lechero.