Dopo che Turk ha scoperto il bacio tra J.D. e Carla, inizialmente dice che la cosa non gli dà fastidio, ma alla fine si rende conto di non sopportarlo e decide di dover dare la colpa ad uno solo e all'altro dare la pena del silenzio, ovvero non rivolgergli la parola per alcuni mesi. J.D. e Carla quindi cercando di fargli capire che è stata colpa dell'altro e alla fine Turk crede che la colpa sia stata di Carla e le darà la pena del silenzio. Nel frattempo Cox spaventa una ragazza affetta da epilessia ed Elliot lo rimprovera. Jordan intanto si riempie la faccia di botulino dopo che il ragazzo vicino di casa la chiama "signora" mentre lei era vestita in modo sexy e questo le blocca ogni espressione facciale. Intanto l'Inserviente riesce a farsi regalare da Kelso una nuova uniforme azzurra. Ma appena indossata nessuno ha più paura di lui, anzi, gli altri lo rispettano. E questo all'Inserviente non piace. Quando deve decidere se tenere l'uniforme grigia che lo fa temere da tutti e diventare gentile con quella blu decide di tenere quella grigia e non modificare la sua natura. Più tardi Elliot parla con la sua paziente e la tranquillizza e, quando Cox le domanda come abbia fatto a capire il problema, Elliot gli spiega che ogni donna al mondo è insicura riguardo qualcosa e che ciò che vogliono è solo un po' di comprensione. Alla fine J.D. si sente in colpa per aver dato la colpa a Carla e convince Turk che è colpa sua perché non si è comportato da buon marito e quindi non può giudicare Carla. Turk lo capisce e perdona entrambi. Cox, avendo imparato la lezione di Elliot, rinuncia alla premiazione a sua favore di un premio come medico per restare a casa con Jordan a guardare un film e mangiare una pizza, rendendo felice la moglie. L'Inserviente indossa ancora la tuta blu nel parco dell'ospedale e decine di uccellini gli stanno vicino amichevolmente.