Kelso non riesce a capire da dove provengano gli strani rumori che si sentono continuamente all'interno della struttura ospedaliera. J.D. scopre che l'Inserviente ha costruito un gabinetto sul tetto ed è convinto che l'utilizzo del wc permetta di avere straordinarie rivelazioni. Così l'uomo fa promettere a J.D. di non farne parola con nessuno. Intanto Cox e Carla sono arrabbiati perché Kelso ha chiuso un reparto dell'ospedale per risparmiare. Quando Kelso chiede di trovare un posto letto per il suo giardiniere Ector, i due decidono di trasformare il suo ufficio in una stanza per i degenti. Turk intanto chiede a J.D. di fargli da testimone per il suo matrimonio. Casey nel frattempo cerca con tutte le forze di sedersi sul gabinetto ma non ci riesce a causa dei suoi disturbi ossessivo-compulsivi. Rientrando a casa, J.D. trova un messaggio sulla segreteria: il fratello di Turk conferma di poter partecipare al matrimonio e di poter fare da testimone allo sposo. Il ragazzo rimane quindi molto deluso. La mattina seguente J.D. non sa se chiedere a Turk delle spiegazioni; per chiarirsi le idee va a sedersi sul gabinetto sul tetto e lì capisce che deve parlare all'amico. L'Inserviente però non è felice perché ora tutto il Sacro Cuore conosce il suo gabinetto e tutti fanno la coda per sedercisi sopra. Elliot invece non riesce più a fare un'intubazione ad un paziente e cerca qualcuno che la possa aiutare. J.D. va a parlare con Turk e scopre che quest'ultimo aveva chiesto a suo fratello di fare da testimone solo perché sapeva che non sarebbe potuto venire. Kelso, sfinito dalla presenza di Ector nel suo ufficio, decide di riaprire l'ala dell'ospedale. Tutti sono stati aiutati dal gabinetto, tranne Elliot. Questa va nello spogliatoio e trova un foglio di carta igienica con sopra scritto "Seguimi". Elliot lo segue per tutto l'ospedale fino ad arrivare al gabinetto sul tetto dove trova una foto di Casey che ha fatto diventare realtà il suo sogno di sedersi sul gabinetto. Elliot decide a sua volta di sedersi e proprio in quegli istanti trova il coraggio che aveva perso. Va infatti da un paziente e riesce ad intubarlo. Purtroppo scopre anche che Casey è stato richiamato dal suo vecchio ospedale e che non lo rivedrà più.