Lupin, che sta aiutando Fujiko che ora non è più sotto il controllo di Luis Yu Almeida (si scopre infatti che in realtà era già morto da tempo), spiega i veri motivi che indussero il conte alla sperimentazione umana sulle bambine, in particolare su Aisha, figlia del dottor Kaiser, la quale nonostante venne fortemente indebolita come cavia decise di proseguire gli esperimenti anche dopo la morte del conte. Fujiko capisce che pur essendo stata programmata per rubare e darsi ai piaceri della vita, faceva le stesse cose anche prima della sua sperimentazione. Nel frattempo Jigen e Goemon, sotto effetto della droga del culto Fraulein Eule, combattono entrambi senza sapere chi sia il loro avversario, vedendo al nemico una testa di civetta. I quattro ne escono salvi, e Fujiko, ormai libera di vivere la vita, torna a fare la ladra. La serie si conclude creando continuità con la prima serie animata del 1971, con Lupin che perde la testa per Fujiko e, nella sigla finale, diventa socio di Jigen.