Kobayashi vive da solo in un appartamento, finché un giorno, Tooru è apparso e hanno finito per vivere insieme. Tooru considera gli umani inferiori e sciocchi, ma essendo stata salvata da Kobayashi-san, fa tutto il possibile per ripagare il debito e aiutarla in varie cose, anche se non tutto va secondo i piani.

La storia si svolge nella Shiomi Academy, una prestigiosa accademia con una biblioteca così grande da rivaleggiare la Biblioteca Nazionale Giapponese e dove il protagonista, Kyotaro Kakei ama leggere da solo. Un giorno, mentre si reca a scuola, Kyotaro riceve un libro da un "pastore" che gli rivela che il suo destino sta per cambiare. In una visione Kyotaro vede se stesso impedire un incidente alla stazione del tram e salvare una ragazza. Tsugumi - questo scoprirà essere il suo nome - è anche lei studentessa della Shiomi e lo raggiungerà nella stanza del club della biblioteca, di cui Kyotaro fa parte, per ringraziarloe chiedere il suo aiuto per rendere più divertente l'Accademia. Anche Tsugumi ha ricevuto un libro dal "pastore" che si dice appaia a chi dà il massimo per realizzare i propri sogni.

Ambientato nel 1955, l’anime segue la storia di sette adolescenti rinchiusi in un riformatorio in attesa di un raggio di luce in un inferno quotidiano di sofferenze e umiliazioni, focalizzandosi, soprattutto, su come gli stessi hanno affrontato la vita una volta riottenuta la libertà.

Yoshioka Futaba ha le sue valide ragioni per voler "azzerare" la propria immagine ora che è in procinto di cominciare le scuole superiori. Perché lei è carina, e proprio per questo motivo ha sempre calamitato le invidie delle sue compagne di classe delle medie. Inoltre, a causa di un malinteso, non ha mai potuto instaurare un rapporto con l'unico ragazzo che abbia amato, Tanaka-kun. Ma ora è determinata ad apparire il meno possibile graziosa, di modo che le sue amiche non possano nutrire gelosia nei suoi confronti. Ma mentre si gode serenamente questa sua nuova esistenza, incontra nuovamente Tanaka-kun... Futaba sarà in grado di riuscire lì dove ha miseramente fallito in passato?

L'istituto femminile Seika (清華院女学校 Seika-in jogakkō?) protegge l'innocenza delle sue studentesse nobili tagliandole fuori dal resto del mondo. Questo completo isolamento, però, rende incapace un gran numero di diplomate di far fronte alla realtà esterna, ragion per cui, come soluzione, la scuola rapisce un maschio qualsiasi — che capita di essere Kimito Kagurazaka — nella speranza che la sua influenza riesca a preparare meglio le proprie alunne all'impatto con la vita degli adulti. Sfortunatamente per lui, Kimito è stato considerato infatti un candidato adatto a questo progetto solo perché è stato scambiato per un omosessuale con un fetish per i muscoli, non rappresentante quindi un pericolo per la castità delle ragazze. Di conseguenza Kimito, intimorito dalla minaccia di essere castrato nel caso in cui tutto ciò non si fosse rivelato vero, accetta di collaborare, incontrando, poco dopo la sua iscrizione, Aika Tenkūbashi, ossia una studentessa alternativamente timida, testarda e/o pretenziosa che è anche innocentemente affascinata dal mondo esterno.

Dopo aver perso sua sorella minore in un incidente, Toru Kokonoe decide di voler diventare più forte e per questo motivo si iscrive all'accademia Kōryō (昊陵学園 Kōryō gakuen?), una scuola speciale dove gli studenti manifestano le proprie anime sotto forma di armi chiamate Blaze. Anche Toru è in grado di generare la sua Blaze, ma per qualche ragione essa prende forma di uno scudo e non di un'arma.

Ichiro Sato è nella media quanto uno studente può ottenere, tranne che per la sua capacità superiore alla media di atterrare in situazioni totalmente imbarazzanti e intensamente rischiose con la sua insegnante senza fronzoli, Kana Kojima! Ichiro ha le mani piene nell'affrontare questi scherzi e incontri inaspettati nei posti più improbabili. Almeno non può andare peggio, giusto?

Hida Kizuna possiede l'abilità HHG (Heart Hybrid Gear), ma non è abbastanza forte da renderlo particolarmente importante. Sua sorella maggiore lo chiama per trasferirsi in una scuola di difesa strategica, dove molti degli studenti (molti dei quali sono ragazze dal seno grande) usano le loro abilità HHG per combattere gli invasori di un altro mondo mentre indossano abiti da pilota estremamente succinti. L'abilità di combattimento di Kizuna non è all'altezza, ma sua sorella ha un altro piano: apparentemente avere esperienze erotiche con Kizuna permetterà alle ragazze di ricostituire la loro energia o potenziamento. Sembra che la sua nuova vita scolastica sarà piena di imbarazzo.

Ichiro Suzuki è un programmatore ventinovenne di giochi a cui è stato assegnato il compito di correggere diversi bug in due MMORPG che la sua azienda sta preparando per la pubblicazione, diventando estremamente stanco mentre lavora anche durante il fine settimana. Dopo aver fatto un pisolino, si risveglia misteriosamente in un mondo parallelo, che ricorda alcuni dei mondi fantasy RPG su cui aveva lavorato, come un quindicenne di nome Satō Pendragon, un soprannome che usava durante i beta test, e con quella che sembra essere la schermata del menu del gioco a cui stava lavorando. Tuttavia, prima che riesca a capire la sua situazione attuale, un esercito di Lizardmen gli tende un'imboscata, e nella disperazione usa tutte e tre le sue speciali opzioni di attacco "Pioggia di meteore" (una soluzione rapida che aveva aggiunto al gioco per i nuovi giocatori che uccide tutti i nemici nelle vicinanze) e li cancella tutti; oltre a loro elimina inavvertitamente anche una divinità (viene in seguito rivelato che si tratta del Dio Drago Akon Kagura). Di conseguenza, il suo livello passa da 1 a 310, massimizzando immensamente le sue statistiche. Non avendo modo di tornare nel suo mondo, Satō si propone di scoprire i segreti di questo nuovo come un avventuriero di alto livello armato di una miriade di diverse abilità e armi fisiche, cognitive e magiche, iniziando a guadagnarsi la fiducia e l'affetto di molte persone e cercando di nascondere le sue potenti statistiche.

Kokoro Connect si sviluppa intorno al vita quotidiana e non così normale di Taichi, Iori, Himeko, Yoshifumi e Yui e i loro incontri nel Circolo Culturale Studentesco. Tuttavia dopo l’incontro Fuuzen Kazura le loro vite cambieranno e i loro segreti verranno rivelati attraverso lo scambio del corpo, il rilascio dei desideri e del tempo.

In un mondo post-apocalittico dominato dai cosiddetti "Numeri", ogni essere umano avrà la propria identità marchiata con il proprio "Conto", che potrebbe definire qualsiasi numero relativo alla propria vita. Possa essere la distanza percorsa o la quantità di complimenti dati da altri, questo Conto potrebbe condurli all'abisso quando è sceso a zero. Nell'anno 305 del calendario alciano, Hina ha ereditato da sua madre, il cui conte si è svalutato a zero, una missione per cercare il leggendario barone rosso. Nella sua avventura, incontra uno spadaccino semi mascherato di nome Licht che cerca di nascondere la sua identità, poiché è conosciuto come un degenerato per avere un conto incredibilmente basso.

Quattro ragazze si ritrovano ad essere le uniche sopravvissute dopo un incidente aereo in pieno oceano. La loro unica fortuna è quella di essere riuscite a trovare un'isola disabitata nei pressi dell'incidente, ma non avendo alcun tipo di supporto tecnologico dovranno rimboccarsi le maniche per riuscire a procurarsi il cibo necessario per sopravvivere. Nonostante la situazione drammatica, le superstiti riusciranno ad utilizzare l'ingegno grazie anche all'aiuto di una delle ragazze con molta esprienza in fatto di naufragi e incidenti di percorso, ma con dei modi al quanto discutibili.

La commedia racconta le ordinarie vicende di Tadakuni, Hidenori, Yoshitake e altri loro compagni di scuola in un istituto liceale maschile, con piglio divertente ma al contempo realistico. I ragazzi delle superiori sono davvero creature semplici, vogliono solo e soltanto una cosa: le ragazze, tuttavia non capiscono nulla dell’altra metà del cielo. Passano interminabili giornate a parlare, discutere e litigare tra loro su teorie che puntualmente si rivelano sbagliate… ah, se solo avessero il coraggio di chiedere il parere delle loro compagne! Invece di continuare a combinare disastri in giro.

La serie ricalca la storia dell'ormai sedicenne Ben Tennyson, portatore dell'Omnitrix, un dispositivo simile ad un orologio che consente all'utente di trasformarsi in tutti gli 1.000.091 alieni presenti nel suo database. Dopo l'inseguimento del malvagio clown Zombozo, Ben rimane solo a Bellwood poiché Gwen, sua cugina, va al college e Kevin ha trovato lavoro vicino al college di lei. Ben è dispiaciuto ma diviene finalmente un eroe solitario. In ogni caso il nonno di Ben, Max Tennyson, che sapeva già della partenza di Gwen e Kevin, gli assegna un nuovo compagno: Rook Blonko. Rook è un Risolutore alle prime armi già molto agile, scattante e abile nel combattimento e nella teoria. Più avanti, durante una missione nel sottosuolo scopre Undertown, una città aliena nella quale poi si svolgeranno gran parte delle avventure successive. In tutto questo, Ben diventa il bersaglio di un misterioso cacciatore di alieni chiamato Khyber e avrà dieci nuovi alieni a sua disposizione.

Oozora Haruka, che si è appena trasferita a Okinawa, è generalmente allegra e ottimista, ma c'è una cosa di cui si sente insicura: è più alta della maggior parte delle altre ragazze. Anche sua cugina Higa Kanata ha un problema: ha dovuto lasciare il suo beach volley perché era troppo bassa. I cugini spaiati si ritrovano a formare una squadra di beach volley.

Natsuo è un liceale che sta vivendo la disperazione schiacciante di un amore non corrisposto. A peggiorare le cose, la persona di cui è innamorato è la sua insegnante, Hina. Nel tentativo di sollevare il morale, frequenta un mixer dove incontra una ragazza di nome Rui. I due dormono insieme, aspettandosi di non rivedersi mai più, ma il destino ha altri piani. La sua vita diventa improvvisamente più complicata quando suo padre torna a casa e annuncia di essersi risposato con una donna con due figlie che Natsuo ha già incontrato: Hina e Rui!

Hakuno Kishinami si ritrova al centro della Guerra del Santo Graal e non si ricorda come ci sia arrivato. È confuso, ma deve battersi per poter sopravvivere.

Nella vita quotidiana i fratelli Sora e Shiro sono due hikikimori e NEET (Not in Education, Employment or Training). Al contrario, nel mondo dei videogiochi sono una coppia invincibile. Sono talmente forti da diventare una leggenda metropolitana e sono riconosciuti come『 』(letteralmente “spazio bianco”). L'immersione nel gaming è così parte di loro, che considerano la realtà “un gioco scadente”. Tutto cambia quando a contattarli è “Dio” in persona. “Dio” li teletrasporta nella dimensione di Disboard, regno virtuale popolato da sedici razze e dove non esistono guerre. O meglio: ogni conflitto si risolve giocando!

Akane Mizuno e Kotarō Azumi, due 15-enni al terzo anno delle medie, capitano per la prima volta in classe insieme; nella stessa classe però non capitano Chinatsu Nishio e Takumi Hira, la protagonista si sente un po' sola in classe. Chinatsu, Akane e Aoi Takizawa (una saltatrice in lungo) sono amiche per la pelle e formano il famoso terzetto rosa di veterane del club di atletica leggera scolastico. La serie seguirà la crescita di questi ragazzi, le relazioni che instaureranno con le persone che li circondano, quali: compagini di classe, compagni di club, insegnanti e genitori; ma l’anime si incentrerà anche sul tema dell’amore adolescenziale, sulle incertezze dei protagonisti e sulla paura del cambiamento all'inesorabile scorrere delle stagioni. Un periodo di fervore che culmina nella fine delle medie.

La vita di Sakuta Azusagawa prende una piega inaspettata quando incontra una giovane attrice, Mai Sakurajima, intenta a girovagare per una libreria con indosso un costume da coniglietta, ma senza che nessuno noti la sua presenza. Mai rimane incuriosita dal fatto che Sakuta sia l'unico in grado di vederla e che gli altri non considerino minimamente la sua presenza, anche quando indossa un abito meno stravagante o rimane lontana dalla sua vita da attrice. Chiamando questo fenomeno "Sindrome dell'adolescenza", Sakuta decide di risolvere il mistero, legando maggiormente con Mai e anche con altre ragazze che soffrono della stessa sindrome.