Protagonista della storia è Nyaruko-san (Nyarlathotep), una divinità del caos in grado di assumere qualsiasi forma desideri. A dispetto del nome, Nyaruko non appare molto temibile, infatti, tra le molte forme a sua disposizione, la divinità preferisce apparire con le sembianze di una normale e graziosa ragazza dai capelli d'argento. Proprio in questa veste Nyaruko incontrerà Mahiro Yasaka, uno studente perseguitato dagli alieni, aiutandolo nella sua disperata fuga.

Kyousui "Sui" Tougoku eredita da suo nonno un tradizionale caffè in stile giapponese chiamato Rokuhoudou, che gestisce insieme a Gregorio "Gure" Valentino, Tokitaka Nagae e Tsubaki Nakao. La loro ospitalità per eccellenza trasforma senza dubbio qualsiasi visitatore occasionale in un cliente abituale. Dopo aver attraversato la propria parte di prove e tribolazioni, il personale di questo modesto caffè fa del suo meglio per servire i propri clienti, che si tratti di tè, dolci o persino di aiutare con i vari problemi che si possono avere. Sebbene la maggior parte dei giorni trascorra piacevolmente, il piccolo mondo di Sui e dei suoi amici prende una strada inaspettata quando la loro reputazione di caffè fiorisce da un giorno all'altro.

L'anime sarà incentrato su un gruppo di giovani ragazze e sulla loro lotta mentre mirano a diventare Hula Girls.

Kazuya Kujou è uno studente straniero alla Saint Marguerite Academy, un lussuoso collegio nel paese dell'Europa meridionale di Sauville. Originario del Giappone, i suoi capelli corvini e gli occhi castano scuro fanno sì che i suoi coetanei lo evitino e gli danno il soprannome di "Black Reaper", basato su una popolare leggenda metropolitana sul viaggiatore che porta la morte in primavera.

Anno 2010. Dieci missili precipitano sul Giappone. Si tratta di un attacco terroristico opera di un personaggio misterioso: Zero. Tre mesi dopo, Misaki Mori, una giovane studentessa giapponese in viaggio nella capitale degli Stati Uniti, viene coinvolta in uno strano e terribile caso, ed è salvata da un altro giapponese che soffre di amnesia, Akira Takizawa. Dopo il rientro in Giappone, un nuovo missile si abbatte sul territorio nipponico e uno strano messaggio raggiunge il cellulare di Tanizawa: 8,2 miliardi di yen dovranno essergli consegnati...

L'anime è ambientato in Giappone, fra mille anni e vede protagonisti 5 giovanissimi: Saki, Satoru, Maria, Mamoru e Shun. I giovani protagonisti sono nati e cresciuti in un tranquillo villaggio giapponese, un'utopia ricca di acque e di verde, un luogo bellissimo ma con una scarsa tecnologia. Il Giappone di quest'epoca è dominato da coloro che possiedono il "Juryoku", il "potere maledetto", "il potere degli dei", ossia la telecinesi e la telepatia, questi soggetti sono capaci di imporre la propria volontà agli altri. Ognuna di queste piccole comunità è controllata, regolata, ogni pensiero è violato, ripulito, indirizzato. Un'incidente porterà Saki ed i suoi amici a mettere in discussione la natura stessa del luogo in cui vivono, del modo in cui vivono, li porterà ad intraprendere un viaggio alla scoperta della storia dell'umanità, per salvare se stessi ed un mondo sull'orlo del collasso.

Inizia un nuovo semestre scolastico, così come la stagione dei nuovi incontri. Mentre esamina la sua classe piena di coppie, la mente di Hashiba Jun'ichi è piena di angoscia mentre si chiede: "Perché sono ancora vergine ?!" Avendo sentito dai suoi amici che il modo più semplice per soddisfare il suo desiderio di lunga data di diplomarsi dalla compagnia delle vergini è inchinarsi a una ragazza, Jun'ichi fa esattamente questo e chiede alla sua compagna di classe Yukana di uscire. E incredibilmente, lei accetta davvero di uscire con lui. Che ne sarà di Jun'ichi d'ora in poi?

Una ragazza normale viene ammessa alla scuola più prestigiosa del paese dove incontra F4, un gruppo esclusivo composto dai quattro ragazzi più ricchi e più belli della scuola: Dao Ming Si, Hua Ze Lei, Xi Men e Mei Zuo.

Aladdin è un misterioso ragazzino che vagabonda senza una meta precisa e che sembra non sapere niente del mondo. Nel suo viaggio però non è solo, poiché insieme a lui c'è Ugo, un gigantesco ma timido djinn che risiede all'interno del suo flauto. In uno dei suoi viaggi, Aladdin incontra Alibaba, un ragazzo all'apparenza egoista ed avido, ma che in realtà possiede un grande cuore e non esita a mettere a rischio la sua vita per il bene degli altri. Dopo una serie di disavventure, i due diventano amici e decidono di esplorare insieme un dungeon, ossia una delle leggendarie costruzioni apparse per la prima volta nel mondo 14 anni prima ed al cui interno si nascondono misteriosi tesori.

Natsuo è un liceale che sta vivendo la disperazione schiacciante di un amore non corrisposto. A peggiorare le cose, la persona di cui è innamorato è la sua insegnante, Hina. Nel tentativo di sollevare il morale, frequenta un mixer dove incontra una ragazza di nome Rui. I due dormono insieme, aspettandosi di non rivedersi mai più, ma il destino ha altri piani. La sua vita diventa improvvisamente più complicata quando suo padre torna a casa e annuncia di essersi risposato con una donna con due figlie che Natsuo ha già incontrato: Hina e Rui!

Nam Shin è un figlio di una famiglia che gestisce una grande azienda. Dopo un incidente imprevisto, cade in coma. Sua madre Oh Ro-Ra è un'autorità nel campo della scienza del cervello e dell'intelligenza artificiale. Crea un androide chiamato Nam Shin III che assomiglia proprio a suo figlio Nam Shin. L'androide finge di essere Nam Shin e ha una guardia del corpo So-Bong.

Wang Ling è un ragazzo dalle abilità spirituali straordinarie! Basti pensare ai numerosi regni acquisiti da quando aveva solo un anno(?) Ma adesso che è un normale liceale di sedici anni, Ling affronta la sua più grande battaglia: la scuola superiore! Con una nuova sfida ogni giorno, i piani di una tranquilla vita liceale sembrano essere sempre più lontani...

Quattro ragazze si ritrovano ad essere le uniche sopravvissute dopo un incidente aereo in pieno oceano. La loro unica fortuna è quella di essere riuscite a trovare un'isola disabitata nei pressi dell'incidente, ma non avendo alcun tipo di supporto tecnologico dovranno rimboccarsi le maniche per riuscire a procurarsi il cibo necessario per sopravvivere. Nonostante la situazione drammatica, le superstiti riusciranno ad utilizzare l'ingegno grazie anche all'aiuto di una delle ragazze con molta esprienza in fatto di naufragi e incidenti di percorso, ma con dei modi al quanto discutibili.

Per anni è scoppiata una grande guerra tra l'Impero scientificamente avanzato e un paradiso di streghe noto come Nebulis Sovereignty. Questa secolare battaglia pone le basi per un incontro fatale tra due giovani combattenti: uno spadaccino imperiale, Iska, e la principessa strega, Aliceliese. Come nemici giurati, giurano di abbattersi a vicenda per unire i loro mondi, eppure Iska si ritrova estasiata dalla sua bellezza e rettitudine, mentre Aliceliese è commossa dalla sua forza e determinazione. Nel mezzo di una guerra senza fine che proibisce loro di stare insieme, non hanno altra scelta che distruggersi a vicenda o trovare un altro modo.

Il fantasy d’azione, ad ambientazione scolastica, si svolge in un mondo nel quale le persone dotate di poteri magici sono sull’orlo dell’estinzione. Proprio quando il bilanciamento delle forze militari in gioco era proteso verso la stregoneria a danno di cappa e spada, gli equilibri si sono nuovamente ribaltati in favore delle armi da fuoco. Takeru Kusanagi frequenta la Tai-Mado Gakuen o AntiMagic Academy (l’accademia anti-magia), un istituto in cui vengono addestrati gli inquisitori, che dovranno perseguire gli eretici utilizzatori di magia e i loro fiancheggiatori. Takeru però non sa usare le armi da fuoco, ma combatte brandendo un spada, a causa di questo limite è relegato al 35° plotone, quello che raggruppa gli studenti più poveri e scarsi. Un giorno Oka Otori, una pistolera d’élite, già qualificata per la caccia alle streghe, si unisce al 35° plotone…

Per Hikari Tsutsui, la vita nel regno bidimensionale è molto più semplice. Socialmente inetto e goffo, si immerge nei videogiochi e negli anime, solo per essere inesorabilmente ridicolizzato e ostracizzato dai suoi compagni di classe. A condividere la sua sofferenza c'è Yuuto Itou, il suo unico amico, che indossa le orecchie da gatto ed è ugualmente ossessionato dal mondo dei giochi. Dopo essere stato costretto a pulire la piscina come punizione per essere arrivato in ritardo, Tsutsui incontra Iroha Igarashi, ma tenta di evitarla, poiché la sua notorietà la precede. Sfacciatamente schietto, odiato dalle compagne di classe e famigerato per aver scherzato con i ragazzi, Tsutsui crede che essere coinvolto con lei non causerebbe altro che problemi. 3D Kanojo: Real Girl è una storia che ruota attorno a questi due emarginati: un ragazzo pieno di emozioni che non ha mai provato prima, che lotta per metterle a nudo e una ragazza che si sforza di farlo uscire dal suo guscio.

In un prossimo futuro, una misteriosa malattia chiamata "Cagaster" fa la sua comparsa sulla Terra: una volta contratto il virus, l'umano infetto si trasforma in un feroce insetto. La storia inizia 30 anni dopo il diffondersi della malattia, nel 2125, e segue le avventure di Kidou, un ragazzo che combatte gli insetti.

L'istituto femminile Seika (清華院女学校 Seika-in jogakkō?) protegge l'innocenza delle sue studentesse nobili tagliandole fuori dal resto del mondo. Questo completo isolamento, però, rende incapace un gran numero di diplomate di far fronte alla realtà esterna, ragion per cui, come soluzione, la scuola rapisce un maschio qualsiasi — che capita di essere Kimito Kagurazaka — nella speranza che la sua influenza riesca a preparare meglio le proprie alunne all'impatto con la vita degli adulti. Sfortunatamente per lui, Kimito è stato considerato infatti un candidato adatto a questo progetto solo perché è stato scambiato per un omosessuale con un fetish per i muscoli, non rappresentante quindi un pericolo per la castità delle ragazze. Di conseguenza Kimito, intimorito dalla minaccia di essere castrato nel caso in cui tutto ciò non si fosse rivelato vero, accetta di collaborare, incontrando, poco dopo la sua iscrizione, Aika Tenkūbashi, ossia una studentessa alternativamente timida, testarda e/o pretenziosa che è anche innocentemente affascinata dal mondo esterno.

Aki Shiina viene costantemente trattato come una ragazza a causa del suo aspetto femminile, perciò decide di trasferirsi a Tokyo per frequentare la scuola media nel tentativo di dare una svolta alla propria vita. Tuttavia, ciò che lo attende nella sua nuova casa, Sunohara-sou, è la gentile custode, Ayaka Sunohara, insieme ai tre membri femminili del consiglio studentesco della nuova scuola di Aki: Yuzu Yukimoto, Sumire Yamanashi e Yuri Kazami. Ed è così che inizia la nuova vita di Aki con quattro ragazze.

Ichiro Sato è nella media quanto uno studente può ottenere, tranne che per la sua capacità superiore alla media di atterrare in situazioni totalmente imbarazzanti e intensamente rischiose con la sua insegnante senza fronzoli, Kana Kojima! Ichiro ha le mani piene nell'affrontare questi scherzi e incontri inaspettati nei posti più improbabili. Almeno non può andare peggio, giusto?