Siamo alla fine del XXX secolo e la lunga guerra combattuta dagli umani contro gli esseri meccanici volge finalmente al termine. L'intrepido e temerario capitano Warrius Zero ha perduto la sua intera famiglia nella lunga e spietata guerra appena conclusa; nonostante ciò rimane ancora a pieno titolo membro effettivo della flotta spaziale terrestre. All'astronave di cui è al comando, composta sia da esseri umani che da robot, viene dato un nuovo compito: catturare il pirata spaziale capitan Harlock che da un po' di tempo sta imperversando lungo le rotte commerciali, dando non poco filo da torcere al governo centrale. Mentre il capitano Zero si appresta ad iniziare questa nuova missione, cominciano a sorgergli alcuni gravi dubbi sulla realtà della pace ritrovata tra uomini e macchine.