La terza serie ha inizio con dei flash di grande impatto che illustrano quanto sia dura la condizione di prigionieri, in diverse forme, di Scorpion e Tigh oltre al comportamento, come al solito ambivalente, di Ellen, la moglie del colonnello. Dopo 132 giorni dallo sbarco dei cyloni, i coloniali sopravvivono su New Caprica come possono, sotto il giogo degli invasori. Tigh (cieco ad un occhio cavatogli sotto tortura), Tyrol ed Anders sono i leader dei ribelli con l'ausilio di un appoggio anonimo dall'ufficio della presidenza (che si rivelerà essere il tenente Gaeta) mentre altri umani sono divenuti dei collaborazionisti, membri della cosiddetta "polizia provvisoria". Scorpion è tenuta prigioniera da una copia di Numero Due che vorrebbe farla diventare sua compagna devota ed innamorata. Intanto nello spazio, l'ammiraglio Adamo ed il resto del suo equipaggio discutono sui tempi ed i modi del ritorno su New Caprica. Apollo, visibilmente sovrappeso, riceve grosse critiche dal padre che lo accusa di essersi eccessivamente "rilassato" durante l'ultimo anno e mezzo di forzata inattività. Sul pianeta, i resistenti inviano un ex combattente in missione suicida per uccidere quanti più collaborazionisti possibile oltre al presidente Baltar, ma questi, per un imprevisto legato alla propria pigrizia ed incompetenza, riesce a scampare.