Ad Aldilà Skye viene addestrata da Jiaying a comprendere e controllare i propri poteri finché, incuriosita da un'osservazione di Lincoln, Skye spinge la mentore a confessarle il vero motivo per cui l'abbia presa tanto a cuore: Jiaying le rivela quindi di essere sua madre. Dopo essersi chiarite, le due decidono di mantenere il segreto all'interno della comunità in virtù di un incidente capitato sette anni prima quando una donna rubò dei Cristalli Terrigeni per usarli sulla figlia. Bahrein, 2007. Coulson e May si mettono alla testa di una squadra speciale dello S.H.I.E.L.D. incaricata di avvicinare Eva Belyakov, una donna dotata di forza sovrumana che, tuttavia, riesce a catturare i loro compagni rinchiudendosi in un edificio assieme ad essi e a decine di civili, provocando una forte tensione internazionale. Per risolvere la situazione May decide di entrare nella struttura, scoprendo che ogni uomo presente è vittima di una forma di controllo mentale e che la vera responsabile di tutto ciò non è Eva bensì sua figlia Katya; dopo aver cercato di fermarla Melinda è costretta a uccidere la bambina. Sebbene riesca a salvare le vite di tutti i presenti tra civili ed agenti guadagnandosi il soprannome de "La Cavalleria", tale trauma porterà in seguito May ad allontanarsi dal servizio attivo fino all'inizio della serie. Skye capisce che Eva e Katya Belyakov sono la madre e la figlia di cui Jiaying le ha parlato. Nel presente, Bobbi e il "vero S.H.I.E.L.D." rivelano a May che Coulson le ha tenuto nascosto un'operazione chiamata "Protocollo Theta", insinuandole dei dubbi sulle operazioni dell'uomo. Intanto Raina continua a faticare ad adattarsi al suo nuovo aspetto e si considera un mostro; quando Gordon e Lincoln tentano invano di consolarla, Raina racconta loro di essere costantemente perseguitata dagli incubi. Quella sera stessa Jiaying convince Skye a cenare con Cal di modo da renderlo felice e, assistendo alla cena, Lincoln riconosce uno dei sogni di Raina, in cui Skye cena felicemente insieme al padre, e capisce che la ragazza è dotata di poteri divinatori.