Sotto la guida di Victoria Hand decine di squadre dello S.H.I.E.L.D. si mobilitano per ritrovare Coulson dopo il suo rapimento ad opera di Centipede, ma Skye, ritenuta inaffidabile dall'autoritaria agente, viene allontanata fino al termine delle indagini con uno stratagemma messo in atto dall'agente May che ha finto di volere la ragazza fuori dalla squadra perché l'ha ritenuta più adatta alla missione "fuori dal sistema". Furiosa perché all'oscuro di tutto ciò, la ragazza decide di investigare per conto suo mantenendo i contatti con Fitz, Simmons e Ward. Nel frattempo, Coulson viene torturato da Edison Po affinché dia loro informazioni sulla sua resurrezione; nel momento in cui l'uomo domanda come mai il Chiaroveggente, pur dichiarandosi tale, non abbia già tale informazione, Po risponde che, dopo il suo ritorno in vita, Coulson è la sola cosa che egli non riesca a vedere. Skye, fingendosi l'agente May, riesce a convincere un businessman disonesto a farle usare le sue risorse informatiche per localizzare il luogo dove Centipede sta interrogando Coulson e, condivisa la scoperta con i compagni, vi dirige le squadre di ricerca. Intanto il Chiaroveggente, deciso che i metodi di Po siano inconcludenti, lo uccide attraverso una telefonata ed affida a Raina l'estorsione di informazioni da Coulson. Resasi conto che l'uomo ne è effettivamente inconsapevole, Raina decide di servirsi di un dispositivo di scansione mentale per risvegliarne in lui il ricordo; attraverso una serie di flashback emerge dunque l'agghiacciante verità: dopo gli eventi di New York, l'uomo è stato rianimato da un'équipe di dottori in una sala operatoria, il suo cranio aperto e il suo cervello stimolato da un macchinario dalla forma aracnidea mentre egli implorava di lasciarlo morire. La squadra di soccorso arriva poco dopo, cattura Raina e libera uno sconvolto Coulson che, quella sera stessa, si fa trovare nella macchina del capo dell'équipe che ha operato su di lui, Streiten, domandandogli spiegazioni. Il dottore dichiara che l'agente è in realtà rimasto morto vari giorni e non per i soli otto secondi di cui Coulson era a conoscenza, e che le operazioni per riportarlo in vita (almeno sette) sono state ordinate dal direttore Fury in persona ma, sfortunatamente, dopo la resurrezione Coulson era tanto traumatizzato da implorare la morte, motivo per il quale hanno manipolato il suo cervello di modo da cancellare l'esperienza e dargli invece dei ricordi piacevoli che gli restituissero la gioia di vivere.