Anno 0087 UC, sette anni dopo la fine della Guerra di un anno. All'indomani degli eventi narrati in Mobile Suit Gundam 0083: Stardust Memory (prequel realizzato successivamente), l'esercito della Federazione Terrestre crea un corpo speciale di élite denominato Titani per dare la caccia ed eliminare le sacche di resistenza di Zeon. La brutalità dei metodi terroristici adottati dai Titani per raggiungere i loro scopi fa nascere in risposta due gruppi di resistenza, l'AEUG (Anti-Earth Union Group - Gruppo anti Unione Terrestre) e la sua emanazione terrestre Karaba (guidata dall'ex membro della Base Bianca Hayato Kobayashi e del quale farà parte anche Amuro Ray), che affronteranno la Federazione in quella che viene chiamata la Guerra di Gryps. La serie inizia con Char Aznable, diventato membro dell'AEUG con l'alias "Quattro Bajeena", che attacca una base militare dei Titani nella colonia occupata di Green Noah a Side 7 per raccogliere informazioni sul nuovo prototipo di mobile suit federale, il tipo RX-178 Gundam Mark II. Kamille Bidan, un giovane ed impulsivo newtype che vive nella colonia, si ritrova coinvolto suo malgrado ed aiuta l'AEUG a trafugare il Mark II. Infine si unisce all'AEUG, prima come pilota del Mark II, quindi come pilota del nuovo Mobile Suit Z Gundam (creato dall'AEUG e basato su un'idea di Kamille). Lo scontro tra le parti vedrà in un secondo momento l'ingresso in campo di una terza forza, quella di Axis, l'asteroide su cui alla fine della Guerra di un anno si erano rifugiati i sostenitori degli Zabi e della restaurazione del Principato di Zeon, guidati dalla giovane Haman Karn, reggente della piccola Mineva Zabi.