La storia si svolge in un futuro prossimo, in un luogo chiamato Paradise City. Grazie alla Leo Corporation, guidata da Declan Akaba, il nuovo sistema della Solid Vision, il sistema olografico che dà vita al gioco di carte dei Duel Monsters, rende reali i mostri e gli ambienti, permettendo ai giocatori di interagire direttamente con loro. Questa nuova tecnologia ha dato vita agli "Action Duels", in cui i duellanti possono attraversare vari ambienti per individuare delle speciali carte magie e trappole chiamate "Carte Action". La storia segue Yuya Sakaki, uno studente al secondo anno di scuola media nonché uno studente della scuola di duelli "You Show Duel School" di Paradise City fondata da suo padre, il quale scomparve tre anni prima nel momento in cui doveva sostenere un duello importante.