Dopo un'apocalisse virale, il Giappone è sopraffatto dalla GHQ. Il liceale Shu acquista uno strano potere e si ritrova coinvolto nella resistenza.

Una notte come altre Ouri viene svegliato da un gatto che gli si avvicina chiamandolo per nome... il ragazzo si reca nel tempio dell'orfanotrofio in cui vive e trova riverso al suolo il corpo senza vita di una ragazza, Makina. Presto si renderà conto che nel mondo in cui vive si nascondono esseri che non hanno più nulla di umano, senza paura e immortali... o quasi.

Ambientato in un mondo alternativo simile all'Europa di inizio 1900, narra i viaggi e la maturazione fisica e spirituale di due fratelli, Edward e Alphonse Elric. Abbandonati dal padre alchimista in tenera età e cresciuti quindi dalla sola madre Trisha, i due bambini manifestano fin da subito grandi attitudini nello studio delle scienze alchemiche. Questo li porta, anni dopo, a tentare una trasmutazione umana, il massimo dei tabù dell'alchimia, al fine di riportare in vita la madre, morta di malattia. Un’azione che pagheranno a caro prezzo, dando così inizio a una fantastica avventura che li porterà sulle tracce delle leggendaria Pietra Filosofale al fine di riparare all'errore commesso.

Dopo l'assassinio dei sette robot più moderni al mondo e dei loro alleati umani, il detective Gesicht scopre di essere anche lui in pericolo.