Lupin ruba una gemma da una festa sul Mediterraneo, per poi essere interrotto da Pycal, l'illusionista che era apparentemente morto durante uno scontro con Lupin all'inizio della prima serie. Ora Pycal, dotato di veri poteri magici, cerca la sua vendetta.

Il tomo delle profezie perdute di Nostradamus: un libro che racchiude le parole del più grande profeta della storia, un libro che racchiude la possibilità di governare l'intero mondo. Stavolta Lupin dovrà sfidare il destino per ottenere il prezioso manoscritto, che vale la smisurata cifra di cinquanta milioni di dollari... ma è davvero il destino che muove le fila del gioco?

Lupin e la sua banda sono sulle tracce del relitto del Titanic, all'interno del quale dovrebbe trovarsi una statua di dragone che custodisce in sé il segreto per la creazione del metallo più resistente del mondo, realizzato dallo stesso fabbro che creò la Zantetzu-ken di Goemon. Sulle tracce della statua c'è anche Cin Cin Chu, il boss della mafia di Hong-Kong, che intende usare il metallo speciale per creare una sua personale flotta di aerei indistruttibili con cui dominare il mondo.

Nel 1945 dopo il bombardamento atomico di Hiroshima e Nagasaki una corazzata Americana ed una Giapponese (in stile sottomarino-trivella) si scontrarono nelle acque dell'oceano pacifico. Dalla nave Giapponese chiamata Atragon però, fuggì il vice comandante che dietro ordini portò con se una preziosa alleata. Ora ai giorni nostri i rilevamenti satellitari hanno individuato un gigantesco cilindro nero che sta sciogliendo i ghiacci del Polo. Le Nazioni Unite inviano una squadra di ricerche per capire che sta succedendo, ma la tecnologia che hanno difronte e ben superiore alle loro conoscenze perchè possa essere compresa ed affrontata.

Identificato come l'istigatore di Garma, Char viene congedato da Dozle Zabi e inviato per qualche tempo sulla Terra, a Manaus. Qui incontra Lalah Sune, una giovane ragazza in possesso di strani poteri psichici, e la salva dai suoi sfruttatori, portandola infine al sicuro nello spazio con sé quando viene richiamato in servizio. Nel frattempo il dottor Minovsky decide di tradire Zeon per passare alla Federazione, ma l'incontro sulla Luna tra lo scienziato e il ricercatore di punta della Federazione, Tem Ray, è sabotato dai mobile suit di Zeon, che annientano i Guncannon federali e uccidono Minovsky. Tra i piloti di mobile suit figura, tra gli altri, Char. Dopo aver osservato la potenza dei nuovi robot nemici, Tem mette a punto il prototipo di mobile suit denominato "Gundam", i cui progetti vengono trovati dal figlio Amuro nel suo laboratorio sulla colonia di Side 7. Il 3 gennaio 0079, infine, il rinominato Principato di Zeon, dichiara guerra alla Federazione.