In un futuro prossimo, l'umanità è costretta a fuggire dalla Terra, prima dell'impatto di un'enorme cometa contro di essa. I terrestri vagano per molti anni nello spazio fino a quando non arrivano su un pianeta chiamato Heaven, governato dalla centesima regina Fuse, che aveva predetto la catastrofe consentendo la fuga agli abitanti della Terra. Il genere umano si divide e va ad abitare sulle 8 lune del pianeta. Fuse dichiara il centro di Heaven nuova casa dell'umanità, ma questo non fa che deteriorare i rapporti con gli esseri umani: Fuse viene criticata e spedita in esilio sull'ottava luna di Heaven. Fuse detiene un grande potere grazie a diverse pietre di straordinaria proprietà. Su Heaven la tecnologia è molto avanzata, ma nonostante questo notevole livello qualitativo della vita, la pace sul pianeta è minacciata dalle mire espansionistiche dei signori del male, costituiti dall'unione delle famiglie Yuara, Ned e Migi, che provano a conquistare tutto lo spazio circostante. Kori (Kou in originale), un ragazzo quattordicenne, protagonista della serie, riceve da Kou Yagami la mitica spada Murasame, forgiata da suo padre prima di venire ucciso. Tale spada ha una gemma rossa incastonata nell'elsa, che permette a Kori di trasformarsi in un guerriero invincibile, facendogli però perdere l'uso della ragione, infatti, quando riprende conoscenza vedendo gli uomini da lui uccisi, ha profondi sensi di colpa e conflitti di coscienza, data la generosità e gentilezza del suo animo. Kori incontrerà Kujo, un cane-cyborg parlante, anche lui in possesso di una pietra incastrata in un dente. Diverrà così un fedele e prezioso amico di Kori, grazie al quale riuscirà a superare diverse difficoltà. Durante il viaggio fra le otto lune, in cui è alla ricerca della madre, che gli consentirebbe anche di capire il segreto della spada e della gemma rossa, incontrerà diversi personaggi, si unirà alla lotta dei guerriglieri e farà la conoscenza di Nola, ragazza cinica e fredda. Da quando è stata costretta, sin dall'età di 13 anni, ad uccidere, la sua vita le ha insegnato a vedere solo violenza, ma Kori ha un animo buono, e cercherà di farle comprendere il valore della lealtà.

Quando il proprio nonno muore, Kaihei eredita il posto di direttore della Saint Luminous Mission High School, una eccentrica scuola privata femminile, che enfatizza particolarmente le libertà personali dei propri studenti.

Corre l'anno 2196. La Terra e le sue colonie marziane sono sotto attacco da parte di una razza aliena chiamata Lucertole di Giove, contro cui le armi convenzionali sembrano completamente inutili. Per fermare l'avanzata degli invasori l'Unione Terrestre decide di rivolgersi alle Industrie Pesanti Nergal, una compagnia privata che è stata capace di costruire una nave spaziale armata con le stesse tecnologie dei Gioviani, la ND-001 Nadesico. Per quanto la nave sia potente, trovare personale militare addestrato sembra tuttavia un problema. La Nergal decide quindi di reclutare un equipaggio di civili, estremamente esperti nei loro rispettivi campi ma con delle personalità decisamente problematiche. Akito Tenkawa, un ragazzo sopravvissuto all'invasione di Marte che odia combattere e desidera diventare un cuoco, viene assunto come pilota di uno dei robot da guerra della Nadesico, gli Aestivalis. Inizia così la sua vita tormentata a bordo della nave, tra continue battaglie contro i Gioviani e infinite tribolazioni amorose con le ragazze dell'equipaggio. Eppure lui vorrebbe soltanto essere lasciato in pace a cucinare e guardare il suo anime preferito, Gekiganger III...

Anno 2020, i computer sono diventati parte integrante della vita della maggior parte della popolazione. Tuttavia, l'adolescente Yui Kasuga è una delle poche persone assolutamente incapaci di usare un PC, nonostante il padre sia un famoso programmatore. Improvvisamente, il malvagio supercomputer Giganet si ribella all'uomo e decide di prendere il controllo di ComNet, la rete internet. I Virtuali, speciali programmi sviluppati per fermarlo, reclutano Yui, che viene letteralmente risucchiata a ComNet. Qui la ragazzina incontra un Virtuale di nome I.R., che le fornisce armi e gadget "downloadabili" che le permettono di diventare Virtual Yui (Corrector Yui), l'unica in grado di sconfiggere i virus di Giganet (Grosser).

Prima degli eventi dell'anime, le tre fazioni: l'Esercito Garan, l'Esercito Kiba, e l'Hachiryokaku (l'armata di Aira), si combattono per il dominio totale della Machine Island, che occupano. L'isola è una prigione, isolata dal resto del mondo. Per garantirne la totale quarantena, un campo gravitazionale è stato formato all'interno dell'isola e solo le macchine create dal WSO (governo mondiale) in tutto il mondo sono in grado di entrare o uscire dall'isola. L'isola contiene anche grande quantità di risorse, consentendo alle tre fazioni di creare infiniti eserciti di robot per i loro rispettivi eserciti.