Hikaru, Umi e Fu sono in gita con le rispettive classi alla Tokyo Tower. Una volta salite sulla torre le tre ragazze, dopo aver sentito una misteriosa voce invocare i leggendari Cavalieri Magici, si ritrovano a precipitare nel vuoto. Salvate da Clef, un potente mago che nonostante il suo aspetto da bambino ha 745 anni, le ignare ragazze sono informate da quest'ultimo che si trovano a Sephiro, un mondo sorretto dalla sola forza di volontà. A capo di esso si trova la cosiddetta Colonna Portante, una persona che con le sue preghiere mantiene l'ordine e la pace. L'attuale Colonna Portante, la principessa Emeraude, è stata però rapita dal sacerdote Zagato, facendo cadere Sephiro nel caos..

L'imperatore Muge Zarbados e il suo Impero della Morte decidono che la loro prossima conquista sarà il lontano pianeta Terra. Muge diventa ancora più temibile grazie a Shapiro Keats, un terrestre avido di potere diventato traditore. Spetta a Shinobu, Sara (la vecchia fidanzata di Shapiro), Masato e Ryo della Jyusenkitai/Cyber Beast Force pilotare i quattro Jyusenki/Beast Mecha (Eagle Fighter, Land Cougar, Land Liger e Big Moth [un mecha mammut]), che possono combinarsi nel mech gigante Dancougar.

Hatsuki è una studentessa delle superiori che vive con sua sorella, Hatsumi, per la quale ha una grande cotta. Il giorno del sedicesimo compleanno di Hatsumi, viene improvvisamente circondata da una luce verde e scompare davanti a Hatsuki. Riesce a seguire Hatsumi con l'aiuto di un essere che assomiglia a un pulcino grasso (letteralmente), finendo in un posto chiamato "The Great Library", che è pieno di mondi diversi immagazzinati nei libri. Hatsumi non c'era, però, quindi la ricerca del grande amore di Hatsuki inizia e coinvolge il viaggio di libro in libro.

Battōsai Himura (parzialmente basato sul personaggio storico dell'hitokiri Kawakami Gensai) è uno spietato assassino che a metà 1800 contribuì alla fine dello Shogunato Tokugawa, sul trono da 200 anni, e all'avvento del periodo Meiji. In seguito all'insediamento del nuovo governo, Battōsai scompare per tornare sotto nuovo nome: Kenshin. Ora viaggia con una sakabato con un solo filo (una spada a lama invertita), che anziché essere rivolta verso l'avversario risiede sul lato opposto; il suo obiettivo sta nel proteggere le persone che incontra dalle ingiustizie. Nel suo viaggio, Kenshin si troverà coinvolto in combattimenti con samurai che non apprezzano il nuovo stile di vita pacifico (nella nuova era Meiji non è più permesso nemmeno a un samurai di portare la spada) e in complotti che cercano di restaurare la vecchia società feudale.

In un lontano ed ipertecnologico futuro, Justy Ueki Tylor è un misterioso giovane, privo di un vero scopo nella propria vita ed un talento nel riuscire a cavarsela per caso da situazioni di quasi morte con un atteggiamento infantile. A volte sembra addirittura non rendersi conto di quando è in pericolo, cosa che in realtà per lui è un bene in molte occasioni. Grazie ad una serie di incredibili colpi di fortuna che portano Tylor a salvare l'Ammiraglio dell'organizzazione interplanetaria United Planets Space Force da un rapimento, il giovane guadagna il comando di un cacciatorpediniere, con grande disappunto di colui che diventerà il suo luogotenente, Makoto Yamamoto. Tylor e il suo equipaggio di disadattati si troverà quindi a guidare la Soyokaze nella guerra contro l'impero Raalgon, comandato dalla principessa Azalyn, un popolo alieno dalle sembianze di elfo.

Nanako Misonoo si è iscritta al primo anno delle superiori al Seiran Gakuen, una prestigiosa scuola femminile. Come ogni ragazza della sua età si troverà per la prima volta a dover affrontare l'amore, la passione e la paura per ciò che è nuovo. Invece di tenere un diario, preferisce scrivere delle lettere ad un ragazzo più grande con il quale ha un rapporto puramente fraterno ("fratello" si dice oniisama in giapponese), confidandogli i suoi sentimenti e le sue paure. Il titolo dell'opera si riferisce all'intestazione di queste lettere.

Una ragazza di nome Karin Aoi viene mandata 100 anni nel passato (corrispondente ai giorni nostri) per modificare la storia. Karin è una DNA Operator ed il suo compito è quello di evitare che Junta Momonari diventi il Mega Playboy.

Marte è sul punto di unirsi alla Terra per formare un'unica colonia umana quando una serie di delitti piuttosto macabri scuote l'opinione pubblica. Infatti quelli che sembrano corpi di donne orrendamente mutilate rivelano all'interno parti robotiche suggerendo che tali esseri umani in verità appartengono ad una nuova specie di cyborg. Questi atti di violenza alimentano quindi l'odio degli umani verso le macchine, ormai giunte ad imitare perfettamente gli umani e quindi prenderne il posto nei luoghi di lavoro costringendoli alla povertà. Ma sulle tracce del maniaco si mettono subito al lavoro i due detective Armitage e Ross. Entrambi nascondono segreti sulle proprie esperienze passate con i robot e sembrano mossi da questioni personali. Incontreranno infine l'essere che si nasconde dietro gli atti di violenza, ma a quel punto scopriranno una cospirazione su scala molto più ampia di quel che avevano immaginato.

Fuggito dalla propria stessa razza, Orgun, un essere alieno con abilità sovraumane ed armi ultraterrene, giunge sulla Terra per trovare una risposta al mistero che nasconde le sue origini. Lì, Orgun si lega ad un giovane uomo chiamato Tomoru di citta 5 , per difendere la Terra dagli Evoluders, che vogliono annientare la civiltà terrestre.

A.D. 2089 - Sono passati 80 anni da quando la Prima Guerra Spaziale ha cambiato la vita degli umani e degli Zentraedi. Entrambe le razze sono in pace sulla Terra quando una nuova razza aliena chiamata "Marduk" appare nel sistema solare. Mentre copre la prima battaglia tra l'U.N. Spacy e la flotta Marduk, la reporter esordiente della SNN Hibiki Kanzaki scopre Ishtar, un "emulatore" che migliora le capacità di combattimento dei Marduk attraverso il canto. Hibiki porta Ishtar sulla Terra per insegnarle i valori della vita e della cultura. Insieme all'asso della Valchiria Silvie Gena, Hibiki e Ishtar devono trovare un modo per salvare la Terra dalla distruzione totale per mano del leader dei Marduk Ingues.

Mega Tokyo 2032: per contrastare la mega-corporazione Genom ed i suoi cyborg detti "boomer", che spesso vanno fuori controllo, viene costituito un nuovo gruppo di difesa fuorilegge che combatte il crimine sotto il nome in codice Knight Sabers. Le componenti di questo team sono quattro spietate e sensuali ragazze: Priss, Linna, Sylia e Nene, tutte armate ed equipaggiate con "Hardsuit", potenti armature potenziate. Ovviamente le vicende sentimentali delle quattro ragazze si intrecceranno spesso nel loro "lavoro", spesso ostacolato anche dalla polizia.

La storia dell'anime si svolge in un futuro post-apocalittico, dove Tokyo esiste soltanto in una realtà simulata. La storia segue le vicende di Shogo Yahagi, un giovane motociclista, venuto in possesso di una motocicletta, prototipo del governo in grado di trasformarsi in un mecha, venuto a conoscenza della realtà in cui vive.

Non sono né piante né animali. Differiscono da altre forme di vita come i microrganismi e i funghi. Assomigliano invece al corpo primordiale della vita e sono generalmente conosciuti come "Mushi". La loro esistenza e il loro aspetto sono sconosciuti a molti e solo un numero limitato di umani ne è a conoscenza. Ginko è un "Mushi-shi" che viaggia per indagare e scoprire di più sul "Mushi". Nel processo, dà anche una mano alle persone che affrontano problemi con eventi soprannaturali che possono essere collegati al "Mushi".