È lontano il tempo in cui Tim Goodman sognava di fare l'allenatore di Pokémon. Ora, a ventidue anni, lavora nella assicurazioni, e ai Pokémon non ci penserebbe più, o quasi, se la morte del padre, un famoso investigatore, non lo richiamasse a Ryme City, la metropoli dove umani e Pokémon vivono fianco a fianco. Crede che sia soltanto l'ora di dire addio ad un genitore che non ha mai veramente conosciuto, ma c'è del marcio nell'incidente che ha portato alla scomparsa di Harry Goodman, e il giovane Tim si trova a far squadra con il partner del padre, l'irresistibile Pikachu, per far luce su un mistero che assume tinte e dimensioni sempre più inquietanti.

Dopo aver difeso la sua terra contro un potente impero, il soldato Van viene ridotto in schiavitù e mandato a lavorare nelle miniere di sale. Una notte, un branco di strani cani attacca la miniera e una misteriosa malattia comincia a diffondersi. Van incontra successivamente una ragazza di nome Yuna e, da unici sopravvissuti alla peste, intraprendono un viaggio insieme come padre e figlia ma senza avere alcun legame di sangue.