Essere un adolescente non è mai semplice. Specialmente per un centauro! Himeno è una ragazza dolce e timida che, come molti giovani della sua età, lotta con le difficoltà derivanti dal frequentare le scuole superiori. La differenza è che lei è un centauro, ma non è sola: infatti, tutti i suoi compagni di classe sono creature soprannaturali, con tanto di corna, ali, code, aureole o altre appendici non umane. Tuttavia, nonostante la loro natura, Himeno e le sue migliori amiche - Nozomi dalle ali di drago e Kyoko dalle corna a spirale - sono adolescenti semplici, alle prese con i problemi della vita e le questioni di cuore in un ambiente scolastico quasi normale.

La storia, ambientata nel 1937 alla vigilia della seconda guerra mondiale, coinvolge una misteriosa organizzazione di addestramento per spie nota come "Agenzia D". L'organizzazione è fondata dal tenente colonnello Yuuki dell'esercito imperiale giapponese. I suoi ideali lo portano a reclutare persone al di là dei diplomati e del personale dell'accademia militare, addestrandoli a diventare agenti qualificati nelle arti della manipolazione. Questi agenti diventerebbero una squadra specializzata per condurre le operazioni. Uno di questi agenti antieroi, sotto il nome di Jirou Gamou, intraprende una straziante missione per scoprire documenti segreti intitolati "Black Notes", mentre combatte contro forze interne ed esterne ai suoi stessi ranghi.

La storia, ambientata nel 1937 alla vigilia della seconda guerra mondiale, coinvolge una misteriosa organizzazione di addestramento per spie nota come "Agenzia D". L'organizzazione è fondata dal tenente colonnello Yuuki dell'esercito imperiale giapponese. I suoi ideali lo portano a reclutare persone al di là dei diplomati e del personale dell'accademia militare, addestrandoli a diventare agenti qualificati nelle arti della manipolazione. Questi agenti diventerebbero una squadra specializzata per condurre le operazioni. Uno di questi agenti antieroi, sotto il nome di Jirou Gamou, intraprende una straziante missione per scoprire documenti segreti intitolati "Black Notes", mentre combatte contro forze interne ed esterne ai suoi stessi ranghi.

In un mondo in cui la magia non è una favola ma esiste da cento anni, i fratelli Tatsuya e Miyuki Shiba si preparano a iniziare i loro studi presso l'élite Private Magic University Affiliated High School (Magic High School in breve). Entrando a diversi livelli dello spettro accademico, i due trasformano il campus un tempo tranquillo in uno caotico.

L'impero di Alzano è sede di una delle più illustri scuole di magia del mondo: l'Accademia imperiale di magia di Alzano. Qui, giovani studenti ambiziosi si allenano per diventare maghi competenti. Sistine Fibel, una ragazza nobile e severa, e la sua migliore amica dagli occhi luminosi, Rumia Tingel, frequentano l'Accademia, determinate a coltivare le loro abilità magiche. Tuttavia, il loro piano viene stravolto quando il loro insegnante preferito si ritira all'improvviso e viene sostituito dall'enigmatico Glenn Radars . Il suo atteggiamento pigro e indifferente verso la vita e la magia lo mette rapidamente in disaccordo con la sua classe. Inoltre, forze nefande nascoste all'interno delle mura dell'impero iniziano a diventare attive, e Sistine, Rumia e Glenn si ritrovano coinvolti nei loro piani.