Space Runaway Ideon inizia nell’anno 2300, in un futuro in cui l’umanità ha iniziato a colonizzare altri pianeti e ha scoperto un modo per viaggiare da una galassia all’altra. Sul pianeta Solo nella Galassia di Andromeda, un gruppo di archeologi scopre i misteriosi resti dell’Ideon – tre giganteschi mezzi capaci di trasformarsi in un mecha – e una nave spaziale ribattezzata Nave Solo. Improvvisamente, una civiltà aliena umanoide nota come Buff Clan raggiunge il pianeta Solo. Karala, la figlia del comandante supremo del Buff Clan, decide di scendere sul pianeta contravvenendo agli ordini ricevuti da Gije, un ufficiale che era stato soldato sotto suo padre, insieme alla sua assistente Maya, per investigare sull’Ideon. Gli alieni del Buff Clan, credendo che i terrestri abbiano intenzioni ostili, iniziano a loro volta ad attaccare.