Siamo alla fine del XX secolo. Il mondo intero è sconvolto dalle esplosioni atomiche. Sulla faccia della terra, gli oceani erano scomparsi, e le pianure avevano l'aspetto di desolati deserti. Tuttavia, la razza umana era sopravvissuta. Un conflitto mondiale alla fine del XX secolo ha comportato il collasso della moderna civiltà e la più totale devastazione ambientale. I sopravvissuti all'olocausto nucleare si sono ridotti a vivere in piccoli assembramenti urbani in oasi in mezzo al deserto, assediati da bande di predoni, che saccheggiano e distruggono tutto ciò che incontrano. In questo scenario si muove Kenshiro, 64° successore della scuola di arti marziali "Divina Scuola di Hokuto", l'Hokuto Shinken. Questa tecnica di combattimento si ispira vagamente ai principi dell'agopuntura e sortisce effetti devastanti, o, al caso, di controllo sul corpo e/o guarigione, convogliando l'"energia" del praticante in particolari "punti di pressione" dell'avversario (detti tsubo). Se inizialmente lo scopo di Kenshiro sembra solo la lotta per potersi ricongiungere con la propria fidanzata rapita, ben presto verrà rivelato che il ragazzo ha nelle sue mani il destino di coloro che sono scampati alla catastrofe.

Lo scenario cronologico in cui si svolgono le vicende è il 2087 A.D.. Le colonie lunari si sono dichiarate indipendenti e proclamate Impero Unificato di Giganos, il cui regime militare dichiara guerra alla Federazione Terrestre. Le ostilità vanno estendendosi colpendo le colonie spaziali e la stessa Terra. Giganos, grazie ad armi come il Mass Driver installato sulla superficie lunare o i Metal Armor (MA), è riuscito ad occupare il 70% del pianeta. Ma i federali riescono a trafugare tre nuovi potentissimi MA ai Giganos, e grazie ad essi partirà il contrattacco terrestre.

Pai è l'ultima discendente dei Sanzhiyan Hum Kara, l'antico popolo dei triclopi, detentore del segreto dell'eterna giovinezza ed immortalità. La ragazza è alla ricerca del modo per diventare un essere umano. La storia si apre in Tibet, dove il morente professor Fuji promette a Pai che suo figlio Yakumo l'aiuterà a realizzare il suo compito. Quando però Pai arriva in Giappone e riesce fortuitamente a trovare il ragazzo, Yakumo viene ucciso da Takuhi, un demone al servizio di Pai ma di cui lei perde il controllo. A Pai resta un solo modo per impedire all'anima di Yakumo di raggiungere l'aldilà: assimilarla e fare di lui il proprio Wu, il suo guardiano immortale. Da quel momento in poi la vita dei due sarà legata a doppio filo: Pai è ricercata da tutti i demoni che vogliono diventare immortali e se lei morisse morirebbe anche Yakumo. Riuscirà Yakumo con le sue sole forze a proteggerla? E soprattutto esiste ancora il modo per diventare umani?

Un gruppo di forze speciali di Zeon si infiltra in una colonia per raccogliere informazioni su una nuova unità Gundam. Alfred Izuruha, uno studente di 10 anni, fa amicizia con un pilota di Zeon di nome Bernie, dopo che questi è stato abbattuto durante un combattimento con il suo Zaku.

Milly, figlia di un ricco conte inglese e di una ragazza giapponese, si trasferisce a Londra in seguito alla morte della madre. Viene accolta freddamente, ma alla fine riuscirà a diventare una perfetta lady inglese.

Nove ragazzi vengono rapiti dagli agenti di una organizzazione criminale chiamata "Fantasma Nero" (Black Ghost) e vengono tramutati in cyborg, ciascuno con i propri super poteri. I nove cyborg riescono a sfuggire al controllo di Black Ghost e, aiutati dal dottor Gilmore, iniziano la loro guerra contro l'organizzazione, il cui intento è di far scoppiare nuovi conflitti globali così da poter vendere le loro armi tecnologicamente avanzate al miglior offerente.

Yukito Kunisaki è in viaggio alla ricerca della Fanciulla Alata che è stata legata al cielo secoli fa dopo aver ascoltato la vecchia storia d'infanzia di sua madre. Mentre Yukito mostra il suo spettacolo di marionette alla gente nel tentativo di fare un po 'di soldi, si ritrova in una piccola città in cui non si aspettava di rimanere a lungo. Tuttavia, quando incontra una ragazza insolita di nome Misuzu, le cose prendono una svolta drastica quando viene invitato a stare con lei.