In un mondo in cui la magia non è una favola ma esiste da cento anni, i fratelli Tatsuya e Miyuki Shiba si preparano a iniziare i loro studi presso l'élite Private Magic University Affiliated High School (Magic High School in breve). Entrando a diversi livelli dello spettro accademico, i due trasformano il campus un tempo tranquillo in uno caotico.

«Pensavo che trasferendomi a Tokyo qualcosa sarebbe finalmente cambiato, e qualcosa di bello sicuramente sarebbe avvenuto» Con questi sentimenti Yamato Akitsuki lascia la campagna di Hiroshima per iscriversi ad un liceo di Tokyo. Appena arrivato nella capitale decide di visitare la sua futura scuola, dove vede una ragazza che si allena nel salto in alto, la cui bellezza ed eleganza lo colpiscono profondamente. Dopodiché Yamato si reca alle terme Asahi, bagni pubblici dotati di un dormitorio femminile gestiti da sua zia Asano e che saranno la sua futura casa per gli anni del liceo. Oltre ad Asano e sua figlia Miho, nel dormitorio vivono due studentesse universitarie che creeranno subito problemi e numerose occasioni d'imbarazzo per l'ingenuo Yamato, nonché Suzuka Asahina, proprio la ragazza che si stava allenando nel salto in alto.

Genshiken è una commedia che vede come protagonisti dei ragazzi appassionati di manga e anime e che narra le loro divertenti giornate come otaku.

Il pianista prodigio Arima Kousei dominava le competizioni e tutti i bambini musicisti conoscevano il suo nome. Ma dopo la morte della madre, sua istruttrice, ebbe un crollo mentale mentre si esibiva in un recital e da quel momento non riuscì più a sentire il suono del suo pianoforte, anche se il suo udito era perfettamente a posto. Vedeva il mondo in modo monotono, senza alcun tocco di colore, ma era contento di vivere la sua vita con i suoi buoni amici Tsubaki e Watari. Un giorno, una ragazza, Miyazono Kaori, violinista graziosa e libera, sconvolge tutto. Aiuta Kousei a tornare nel mondo della musica e gli mostra come la musica possa essere vissuta in modo libero.