Nel 1988 il centro di Tokyo viene distrutto da una gigantesca e misteriosa esplosione che scatena il terzo conflitto mondiale. Nel 2019 il mondo riemerge lentamente dalla devastazione. A Neo Tokyo, ricostruita attorno al cratere provocato dalla prima deflagrazione, i militari portano avanti esperimenti su ragazzi dotati di poteri straordinari. Tetsuo, teppista amico di Kaneda, scatena le attenzioni dei vertici militari e viene prima catturato e poi sottoposto a controlli meticolosissimi: che sia lui il nuovo Akira? In lui vi è forse traccia del potere che distrusse Tokyo trent'anni prima?

Di fronte allo scarso successo commerciale, la cantante Mima che deve abbandonare il microcosmo rosa confetto delle idol per essere "rilanciata" come attrice, in un mondo dove invece diventerà solo carne da macello. Ottiene la parte di una ragazza psicologicamente instabile nel serial Tv "Doppio Legame", ma inizia a ricevere messaggi di minaccia anonimi da parte di un fan otaku che non ha tollerato il cambiamento d'immagine della "sua" Mima. Di lì a poco, una serie di incidenti colpisce il set di lavorazione. La stessa Mima, abituata a essere un mero simulacro, inizia a perdere contatto con la propria identità. Ma allora: chi è la vera Mima? Quella che veste gli ingenui costumi della idol? Quella che compare sorridente su Internet? Quella che fa la spesa al supermercato? La ragazza schizofrenica di "Doppio Legame"? L'illusione di se stessa? Oppure solo l'illusione di tutti?

Dopo aver sconfitto il pericolo boss della criminalità Geese Howard, il leggendario combattente Terry Bogard deve vedersela con il potentissimo guerriero tedesco Wolfgang Krauser, che riesce ad avere la meglio su di lui. Abbattuto per l'inaspettata sconfitta, Terry inizia a vagabondare per il paese, sprecando la propria vita nei bar. Finché Terry non incontra un ragazzino di nome Tony che riuscirà a convincere Terry a tornare a combattere, sconfiggere le proprie paure ed infine ottenere la vittoria su Krauser.

Eiji Takanaka è famoso per un solo motivo: è il più bravo ai videogames a memoria d`uomo. I suoi amici sono quindi sorpresi quando viene assunto dalla potentissima corporazione E-X. Ma è solo allora che iniziano i veri problemi: ben presto anche Eiji, come Shogo molto tempo prima di lui, si trova a lottare per la propria vita; e di nuovo tutti gli indizi puntano al misterioso programma EVE. Ma è sempre lo stesso programma, o anche qui qualcosa è cambiato? E se il tempo dell’esilio si è concluso, perchè l`umanità vive ancora rinchiusa nel ventre dell`immensa Megazone