In un lontano futuro, la guerra fra la razza umana e gli alieni conosciuti come Gamilons ha completamente distrutto la Terra. Asteroidi radioattivi hanno devastato il pianeta rendendo la sua atmosfera inabitabile. In un tentativo di salvare la Terra, la regina Starsha del pianeta Iscandar offre alle forze terrestri una tecnologia in grado di neutralizzare totalmente le radiazioni. Per poter recuperare questa tecnologia, la corazzata spaziale Yamato, costruita sulla base dei resti di un relitto della seconda guerra mondiale, viene fatta partire per lo spazio in un viaggio verso un luogo distante 148.000 anni luce. L'equipaggio della Yamato ha un solo anno terrestre per giungere a Iscandar e tornare sulla Terra, o la razza umana si estinguerà.

Più di 50.000 anni fa, la Terra era totalmente diversa da come la vediamo oggi, e i continenti non avevano la stessa disposizione che hanno attualmente. Esisteva ancora, a quell'epoca, la leggendaria città-isola di Atlantide, che un misterioso cataclisma fece del tutto improvvisamente sprofondare per sempre nelle acque. A quell'epoca viveva un popolo prospero e pacifico, i Tritoni, esseri mezzi uomini e mezzi pesce, i cui nemici erano i bramosi e crudeli Poseidoni. Ed è proprio a causa dei Poseidoni che avviene la rovina di Atlantide: il loro sovrano Poseidone scatena il terremoto che decreta la fine di Atlantide e l'estinzione di tutti i Tritoni. Avviene però che una coppia di questi ultimi decide di portare in salvo il loro unico figlio dentro una conchiglia e lasciare che essa venga trasportata dalle acque. La conchiglia viene trovata qualche tempo dopo da un vecchio pescatore di nome Ippei, in Giappone, che lo alleva come se fosse suo figlio nonostante il bambino presenti delle capacità che gli altri bambini non hanno (ad esempio i capelli verdi ed un'innata abilità nel nuoto). Giunto all'età di tredici anni, Toriton viene salvato da una delfina bianca, Lukar, che gli rivela il segreto della sua nascita: Toriton è l'ultimo sopravvissuto dei Tritoni ed un grande destino lo attende. Incredulo all'inizio, Toriton si convince quando un mostro gigantesco simile ad una lucertola gigante tenta di attaccarlo cercando di fare una strage tra gli abitanti del suo villaggio. Spetta quindi a Toriton il gravoso compito di portare la pace nelle acque per evitare così che il crudele Poseidone si impossessi delle creature marine e del mondo intero.

Cinque esploratori spaziali terrestri fanno ritorno sulla Terra dopo lungo tempo per trovarla devastata da una guerra nucleare ed occupata dagli alieni del pianeta Galra, che hanno approfittato della guerra per attuare i loro piani di conquista galattica, guidati dal malvagio Re Tay Bazaal. Catturati dagli alieni, vengono condotti sul loro pianeta, ma riescono rocambolescamente a fuggire a bordo di una navicella spaziale. Inseguiti dai galriani, precipitano sul pianeta Althea, dove vengono salvati ed accolti dalla principessa Fara, la quale svela loro il segreto dell'esistenza di Golion, un prodigioso robot formato da cinque leoni meccanici, grazie al quale sarà possibile abbattere una volta per tutte la tirannia dell'Impero Galattico di Galra.

L'anziano scienziato Juzo Kabuto costruisce un enorme robot che alla sua morte viene ereditato dal nipote Koji Kabuto, il cui compito è quello di sventare i piani del malvagio dottor Hell, uno scienziato tedesco che nel 1962 aveva partecipato con Kabuto e altri colleghi a una spedizione archeologica nell'isola greca di Bardos alla scoperta dei resti della civiltà micenea. Ritrovato un esercito di mostri meccanici costruiti dai Micenei (Mikenes), il dottor Hell svela le sue reali intenzioni uccidendo tutti tranne Kabuto, riuscito a fuggire, ed impossessandosi di quella tecnologia con lo scopo di far tornare sulla terra i discendenti dell'antico popolo greco, costretti per secoli a rifugiarsi nelle viscere della Terra e, insieme a essi, dominare il mondo. Kabuto, tornato in patria, dirige il centro ricerche per l'Energia "fotoatomica" che poi lascia al prof. Yumi appena scoperta una lega metallica molto resistente, la Super Lega Z (estratta dal metallo immaginario Japanium) da utilizzare per costruire il robot Mazinga Z; nell'Istituto viene creata Afrodite A, un robot meno potente dalle fattezze femminili costruito dal prof. Yumi e pilotato da Sayaka Yumi, figlia del direttore dell'istituto; successivamente si unisce a questi il Boss Robot, guidato da Boss, Nuke e Mucha, tre compagni di scuola di Koji.

Per aiutare la sua conquista del Giappone, lo spietato signore Daigo Kagemitsu si offre di sacrificare il figlio che sta per nascere a 48 demoni. I demoni accettano e il giorno dopo il bambino nasce con diversi arti mancanti e viene spietatamente gettato in un fiume. Quindici anni dopo, un ragazzo testardo di nome Dororo lotta per sopravvivere contro la fame e i samurai oppressivi per le strade di un villaggio impoverito e devastato dalla guerra. Dopo aver fatto arrabbiare un gruppo di teppisti, Dororo viene attaccato da loro, ma un uomo misterioso li interrompe, affermando di sentire gli spiriti nelle vicinanze. Abbastanza sicuro, un mostro emerge dal fiume, e l'uomo quindi rimuove le sue braccia protesiche, rivelando le lame nascoste sotto, con le quali uccide il mostro prima di andarsene.

Lilli è una ragazza dotata di straordinarii poteri che proviene dall'interno di un libro magico. Trova una famiglia giapponese di suo gusto, ha usato la sua magia per fare credere a tutti che lei sia la sorella gemella della figlia più grande. Lilli quindi inizierà a vivere come una ragazza normale; usando di tanto in tanto i propri poteri per risolvere i piccoli problemi di tutti i giorni...

Lilli è una ragazza dotata di straordinarii poteri che proviene dall'interno di un libro magico. Trova una famiglia giapponese di suo gusto, ha usato la sua magia per fare credere a tutti che lei sia la sorella gemella della figlia più grande. Lilli quindi inizierà a vivere come una ragazza normale; usando di tanto in tanto i propri poteri per risolvere i piccoli problemi di tutti i giorni...

Recentemente si stanno verificando una serie di strani incidenti sulla terra e secondo il professor Kazuki, i colpevoli potrebbero essere gli Azariti, un gruppo di alieni stabilitisi sul nostro pianeta oltre 200000 mila anni fa all'epoca dei dinosauri. Per contrastare la loro invasione, il professore costruirà un enorme robot di nome Gakeen grazie alla scienza del magnetismo. Le persone destinate a pilotarlo saranno sua figlia Mai e un ragazzo esperto di Karate di nome Takeru. Il robot infatti, deve essere obbligatoriamente pilotato da due persone che ricoprono il ruolo Magneman Plus e Magneman Minus.

Cutie Honey è un'androide creato dal Prof. Kisaragi. Su di lei è stata investita una speciale tecnologia che le permette di creare alcuni oggetti dal nulla. La malvagia organizzazione Panther Claw, guidata da un essere primordiale chiamato Panther Zora e dalla sua giovane discendente Sister Jill, è tuttavia assolutamente interessata ad accaparrarsi questa speciale tecnologia. Nel tentativo di saccheggiare il laboratorio, l'organizzazione finisce per uccidere il Prof. Kisaragi. Furiosa, Honey giura vendetta nei confronti dell'organizzazione che le ha portato via il suo creatore/padre. Honey viene aiutata dal gentile Danbei Hayami e dai suoi due figli, il giornalista Seiji ed il giovane Junpei. Fingendosi una normale ragazza di sedici anni, per sfuggire alle grinfie di Sister Jill, frequenta la scuola femminile Saint Chapel. La sua migliore amica a scuola è la graziosa Aki "Nat-chan" Natsuko, che come la maggior parte delle compagne a scuola, ha un debole per Honey.

Cutie Honey è un'androide creato dal Prof. Kisaragi. Su di lei è stata investita una speciale tecnologia che le permette di creare alcuni oggetti dal nulla. La malvagia organizzazione Panther Claw, guidata da un essere primordiale chiamato Panther Zora e dalla sua giovane discendente Sister Jill, è tuttavia assolutamente interessata ad accaparrarsi questa speciale tecnologia. Nel tentativo di saccheggiare il laboratorio, l'organizzazione finisce per uccidere il Prof. Kisaragi. Furiosa, Honey giura vendetta nei confronti dell'organizzazione che le ha portato via il suo creatore/padre. Honey viene aiutata dal gentile Danbei Hayami e dai suoi due figli, il giornalista Seiji ed il giovane Junpei. Fingendosi una normale ragazza di sedici anni, per sfuggire alle grinfie di Sister Jill, frequenta la scuola femminile Saint Chapel. La sua migliore amica a scuola è la graziosa Aki "Nat-chan" Natsuko, che come la maggior parte delle compagne a scuola, ha un debole per Honey.

Daizaemon Kaze è un allegro adolescente che vuole diventare un esperto del Judo. Per realizzare il suo sogno parte dal suo paesino di campagna, assieme ad un gruppo d'animali, verso Tokyo per farsi allenare da maestro Yagoro Ogaki, un amico di suo padre ormai defunto.

Demetan è un ranocchio di bassa estrazione che vive ai margini di quello che è il suo contesto sociale: lo stagno. Un giorno il nostro ranocchio, dalla faccia un po’ tonta e col cappello da baseball sulle ventitré incontra Ranatan, una ranocchia ricca ed altolocata. Tra i due sboccia l’amore ma il padre di lei si oppone strenuamente alla loro unione.

Prima degli eventi dell'anime, le tre fazioni: l'Esercito Garan, l'Esercito Kiba, e l'Hachiryokaku (l'armata di Aira), si combattono per il dominio totale della Machine Island, che occupano. L'isola è una prigione, isolata dal resto del mondo. Per garantirne la totale quarantena, un campo gravitazionale è stato formato all'interno dell'isola e solo le macchine create dal WSO (governo mondiale) in tutto il mondo sono in grado di entrare o uscire dall'isola. L'isola contiene anche grande quantità di risorse, consentendo alle tre fazioni di creare infiniti eserciti di robot per i loro rispettivi eserciti.

Nel 2976 il mondo è ormai dominato da macchine utilizzate per servire l'uomo, diventato troppo pigro e svogliato, che ha esaurito tutte le risorse naturali. Sulla Terra, però, esiste ancora un uomo libero, Capitan Harlock, che grazie alla sua voglia di ribellione decide di lasciare il pianeta a bordo della sua astronave, l'Arcadia.

Magà ha ritrovato finalmente sua madre l'Ape regina e sua sorella Maya ed insieme hanno ricostruito il regno delle api. Nel regno le cose vanno bene, finché uno sciame di falene arriva a distruggere il territorio circostante l'alveare, di cui vogliono impossessarsi. La vecchia Aghi, un'ape a capo dell'esercito, vuole andare in guerra contro le falene, ma la Regina si oppone, così Aghi e il Generale iniziano a tramare per estrometterla, e mirano a mettere sul trono Dorosi, una giovane ape che aspira a diventare regina.