La storia è ambientata all'accademia Miyojou, un collegio esclusivamente femminile. Tra le varie classi del decimo anno c'è anche la Kurogumi, corso composto interamente da assassine che hanno come obbiettivo quello di eliminare una delle studentesse, Haru Ichinose. Anche la nuova studentessa trasferita Tokaku Azuma ha lo stesso obbiettivo, ma gradualmente inizia a provare dei sentimenti per Ichinose.

Dopo aver perso sua sorella minore in un incidente, Toru Kokonoe decide di voler diventare più forte e per questo motivo si iscrive all'accademia Kōryō (昊陵学園 Kōryō gakuen?), una scuola speciale dove gli studenti manifestano le proprie anime sotto forma di armi chiamate Blaze. Anche Toru è in grado di generare la sua Blaze, ma per qualche ragione essa prende forma di uno scudo e non di un'arma.

Un giorno di pioggia, il salariato Amakusa Ryo viene salvato da una liceale che non conosce alla stazione. In seguito scopre che la ragazza è Arima Ichika. Ryo è un po' un donnaiolo e per ripagarla per averlo salvato, le suggerisce di darle un bacio o di uscire con lei, in cui Ichika gli dice che è inquietante. Questo, tuttavia, apre una nuova porta per Ryo e lui si innamora perdutamente di lei. Da allora, Ryo cerca di esprimere eccessivamente i suoi sentimenti a Ichika. Ichika continua a insultarlo e dice che è inquietante, ma lui sembra prenderlo solo come un modo per mostrargli affetto...

Nella primavera dei suoi sedici anni la liceale Naho Takamiya riceve una lettera dalla se stessa di dieci anni nel futuro, in cui vi sono riportati tutti gli eventi di quella giornata tra cui il trasferimento nella sua classe di un nuovo studente di nome Kakeru Naruse. La Naho del futuro ripete più volte di avere numerosi rimpianti, a cui desidera porre rimedio inducendo la se stessa del passato a prendere le decisioni giuste. In particolare, il contenuto della lettera verte proprio su Kakeru, il quale dieci anni dopo non sarà più in vita: Naho chiede infatti di vegliare su di lui per evitare che la tragedia si ripeta.