Dopo l'esaurimento dei combustibili fossili, l'umanità è stata costretta a ripiegare sull'energia solare, costruendo un sistema di anelli orbitanti intorno al pianeta in grado di accumulare e trasferire l'energia. Tali anelli sono stati divisi tra le tre potenze politiche ed economiche in cui si è diviso il pianeta: l’AEU (la nuova Unione Europea), l’Union (America) e l’Alleanza (Asia). Questi tre blocchi si trovano in uno stato di costante guerra fredda che, pur non palesandosi in aperte ostilità, porta a un continuo sviluppo di armi e allo sfoggio della rispettiva potenza e un continuo proliferare dei conflitti, per ragioni di razza, religione o per l’estromissione dall'utilizzo dell'energia solare. In questo quadro appaiono i Gundam Meister il cui compito dovrebbe essere quello di estirpare la guerra tramite l’intervento armato realizzato per mezzo dei Gundam, mobile suit avanzatissimi che non hanno rivali.

L'anime racconta la vita quotidiana dell'asilo Hanamaru. La piccola Anzu, supportata dalle sue amiche Koume ed Hiragi, vuole conquistare a tutti i costi il cuore del proprio maestro d'asilo, Tsuchida, Ad ostacolare il coronamento del sogno d'amore della bambina, oltre alla differenza d'età, è la maestra Yamamoto, insegnante di un'altra classe della stessa scuola, di cui Tsuchida è infatuato.

Un nuovo anno di scuola superiore significa sempre molte cose da fare, e una di queste è entrare in un club. Essendo in un dilemma su quale club unirsi, Yui Hirasawa si imbatte e fa domanda per il Light Music Club, che lei interpreta erroneamente essere di suonare strumenti semplici, come le nacchere. Incapace di suonare uno strumento, decide di andarci per scusarsi e abbandonare. Nel frattempo, il Club di Musica Leggera affronta lo scioglimento a causa della mancanza di membri. Questo fa sì che i membri del club offrano qualsiasi cosa, dal cibo alla pigrizia durante il tempo del club, al fine di convincere Yui ad unirsi. Nonostante i loro sforzi, Yui insiste nel lasciare a causa della sua mancanza di esperienza musicale. Come ultima risorsa, suonano un pezzo per Yui, che accende la sua passione ardente e finalmente la convince ad unirsi al club.

Ragazze da tutto il mondo si riuniscono alla IS Academy per imparare come diventare piloti IS. Tuttavia, poiché Ichika può in qualche modo pilotare l'IS anche se è maschio, è stato costretto a frequentare l'IS Academy come unico maschio in questa scuola.

Hatsunejima abbonda di misteri, uno dei quali sono i ciliegi immortali della città che si dice esaudiscano i desideri più genuini. Ci sono anche voci su persone che possiedono poteri soprannaturali, come Junichi Asakura, che può vedere i sogni degli altri e creare dolci dal nulla. Insieme a sua sorella Nemu, gli piace vivere in pace con i suoi amici all'Accademia Kazami, ma sceglie di nascondere la sua identità nel segreto. La sua tranquilla vita scolastica si interrompe quando scopre che la sua amica d'infanzia Sakura Yoshino è tornata dall'America dopo sei anni. È lì per uno scopo: mantenere le promesse che ha fatto molto tempo fa con Junichi. Nessuno sa, tuttavia, che l'aspetto di Sakura è destinato a cambiare la vita di tutti, in meglio o in peggio.

Hotaru è un ragazzo che frequenta il liceo e il suo motto è all'incirca "faccio solo quello che sono costretto a fare e lo faccio in fretta". Dopo che la sorella, in viaggio in India, gli scrive che vorrebbe che lui partecipasse e tenesse in vita il club di letteratura del liceo. Qui scopre alcuni dettagli su un incidente occorso 33 anni or sono allo zio di un attuale membro. Il ragazzo, che non si spreca mai in nulla, viene affiancato nelle sue investigazioni da Eru Chitanda, una ragazza allegra e amante dei misteri.

Yuuichi è uno studente delle superiori che deve trasferirsi in una città dove, fino a sette anni prima, era solito passare dei brevi periodi di vacanza. Inspiegabilmente il ragazzo sembra non avere più alcuna memoria delle persone che aveva conosciuto in quei luoghi; ben presto, però, entrerà in contatto con diverse ragazze, tutte collegate in qualche modo al suo passato, e interagendo con loro i ricordi dimenticati della sua infanzia riemergeranno.

Haruhi è una ragazza eccentrica ed esplosiva, in genere evitata dai compagni in quanto considerata svitata. Le voci su di lei non sono affatto infondate e in effetti non si dimostra interessata alle persone normali, ma cerca eventi fuori dagli schemi o qualcuno in grado di dare colore alla sua vita e in particolare ESP, viaggiatori del tempo e alieni. In attesa di questo si accontenta intanto di un compagno che per qualche strano motivo, nonostante si dimostri una persona del tutto comune, prende in simpatia e trascina nelle sue follie. Fonda così un atipico club formato da due persone con lo scopo di scovare i fenomeni paranormali. I quattro saranno coinvolti in situazioni paradossali e dovranno sottostare sotto il giogo di Suzumiya, accontentando i suoi capricci e le sue stramberie, senza alcuna possibilità di ribellarsi.