L'impresario Kumayama esibisce alla curiosità della gente un gigantesco uovo rivenuto da alcuni pescatori sulla spiaggia di un'isola dopo una violenta tempesta. Egli non sa che l'uovo è sacro per gli abitanti della favolosa Infant Island, esseri di piccolissime dimensioni che venerano la dea falena Mothra e che guardano con ostilità gli uomini, colpevoli, tra l'altro, di inquinare l'ambiente con gli esperimenti atomici. Quando le Sobijin, due fate gemelle, vengono da Infant Island a reclamare l'uovo, Kumayama pensa di aggiungere anche loro alla sua attrazione e tenta di catturarle. Riuscite a fuggire e trovato rifugio in una foresta, diventano amiche di due giornalisti e di uno scienziato "buono" che stanno organizzando un servizio fotografico. Gli uomini promettono di aiutare le due piccole straniere, ma quando stanno per tornare in città scorgono l'immensa mole di Godzilla: il mostro atomico...

Mr. Tako, presidente di un'industria farmaceutica giapponese, viene a sapere dell'esistenza di una sorta di grossa bacca che cresce sull'isola di Farou e che avrebbe effetti curativi miracolosi. Non solo: pare anche che i nativi adorino un enorme scimmione chiamato King Kong, che nella mente perversa di Tako appare già come il testimonial ideale per i suoi prodotti. Trasferito a Tokyo, King Kong dovrà vedersela col mostro Godzilla, riportato accidentalmente in vita da un cataclisma...

Il governo giapponese è riuscito a confinare sull'isola Ogasawara tutti i kaiju del pianeta (Godzilla, Rodan, Angilas, Mothra, Gorosaurus, Baragon, Kumonga, Manda, Varan e Minilla), sorvegliati da un gruppo di studiosi e trattenuti da una serie di misure di sicurezza. Improvvisamente, un gas giallo invade l'isola, addormentando uomini e mostri. Subito dopo, i mostri riappaiono in varie metropoli mondiali, devastandole...

1992: pochi mesi dopo lo scontro tra Mothra, Godzilla e Battra, un grande uovo viene rinvenuto su un'isola. Il dottor Kazuma Aoki (inventore di una nave volante anti-Godzilla chiamata Garuda) e la dottoressa Azusa Gojo analizzano l'uovo ma il gigantesco pteranodonte Rodan attacca il campo base per proteggere il fratello non ancora nato. Poco dopo lo stesso Godzilla emerge dall'acqua ed elimina apparentemente Rodan...

Degli strani eventi stanno accadendo sulla Terra, come la scomparsa di due ingegneri. Anche l'ammiraglio Kosumi sta per essere rapito. I rapimenti sono opera del fotografo Susumu Hatanaka e del suo assistente Yoshito Nishibe. Ma dietro a tutto questo c'è l'Impero Mu, scomparso dalla Terra 12.000 anni prima, e ricomparso con l'intenzione di colonizzarla nuovamente....

2204: un futuristico sottomarino si avvicina al corpo sommerso di un gigantesco dragone a tre teste, di cui una scomparsa... 1992: un velivolo simile ad un disco volante sorvola la città di Tokyo, osservato da migliaia di persone, tra cui c'è anche la ESP Miki Saegusa, apparsa nel precedente film. Il giorno dopo, lo scrittore Kenichiro Terasawa e l'editore Chiaki Morimura intervistano un soldato reduce della seconda guerra mondiale, che afferma di aver visto un dinosauro ancora vivo sull'isola di Lagos, nel Pacifico...

Quando lo spacciatore Misaki scompare lasciando solo i vestiti, la polizia interroga Chikako Arai, la sua ragazza. Un socio di Misaki la rintraccia e la minaccia, anche lui sperando di ricavarne qualche informazione. Ma, poco dopo, il socio scompare nello stesso modo di Misaki. Qualche tempo dopo, il dottor Masada informa la polizia che un gruppo di marinai sono scomparsi in maniera simile. Alcuni testimoni affermano che i marinai sono stati disciolti da una creatura liquida generata da una nube radioattiva, sprigionata dall'esplosione di una bomba atomica. Quando la creatura si manifesta davanti agli occhi delle forze dell'ordine, la polizia, con l'aiuto di Masada e Arai, comincia la caccia al mostro liquido, che si muove nelle fogne di Tokyo. Scoprono che i mostri sono più di uno e, una volta che li hanno individuati, li distruggono dando loro fuoco con la benzina.

Smarrito su un'isoletta del Pacifico, un gruppo di marines viene a contatto con alcuni militari giapponesi, anch'essi tagliati fuori dalle proprie linee. Dopo diverse scaramucce, nel corso delle quali i rispettivi comandanti mettono in risalto tutta la loro capacità strategica, si arriva a una tregua. Fra nemici si verificano persino episodi di cameratismo, ma la ferrea logica della guerra riprende ben presto il sopravvento...

Un certo numero di misteriani provenienti dal pianeta Misteroid, che dista dal nostro migliaia di anni luce, sbarca sulla Terra per tentare d'impossessarsene: gli stranieri vengono anche in cerca di mogli, giacchè la loro razza sta per estinguersi per mancanza di donne. Lo scienziato Schiraischi invia alla sua università un tempestivo e dettagliato rapporto su questi strani esseri. Dal tenore dello scritto il redattore Joi comprende che lo scienziato mantiene delle relazioni coi misteriani, dei quali favorisce la venuta. L'arrivo degli stranieri è accompagnato da calamità naturali, e il loro dichiarato proposito d'impadronirsi di un certo numero di donne induce le varie nazioni della Terra ad unire le loro forze per cacciare gli invasori.

Una sonda spaziale, in cui si sono infiltrate delle creature aliene con lo scopo di conquistare la Terra, precipita nei pressi di un atollo del Pacifico. Trasformatesi in un polipo, un granchio e in una tartaruga dalle gigantesche dimensioni, le creature vengono scoperte da un imprenditore senza scrupoli, il quale progetta di usarle come attrazioni principali del complesso turistico che ha in mente di costruire sull'isola.

Ad Okinawa circola una profezia: un giorno arriverà un immenso mostro che rischierà di distruggere la Terra, ma sarà fermato dall'intervento di altri due mostri. La profezia sembra avverarsi quando Godzilla senza motivo attacca il Giappone, arrivando anche a ferire gravemente Angilas, suo compagno in tante battaglie. Nessuno sa spiegarsi tale cambiamento, finché non compare un secondo Godzilla, che attacca il primo smascherandolo: si tratta di Mechagodzilla, gigantesco automa che riproduce le fattezze del Godzilla originale, ed è stato costruito da una civiltà aliena per conquistare la Terra.

Ichiro, un bambino appartenente a una povera famiglia, viene continuamente preso di mira da un bullo del quartiere, Gabara. Il piccolo trova un sostegno morale stringendo amicizia telepaticamente con Minilla, il figlio adottivo di Godzilla, che si trova sull'Isola dei Mostri. Anche lui è angariato da un mostro elettrico, che guarda caso si chiama Gabara. In seguito Ichiro scopre che in un magazzino vicino alla sua casa sono nascosti due ladri, che lo rapiranno. Ichiro, con l'aiuto mentale di Minilla, riuscirà a consegnare i rapinatori alla polizia e riuscirà a battere il suo rivale, mentre sull'Isola Minilla farà combattere Gabara con Godzilla...

Nel 1980, si scoprì che un planetoide gigante di nome Gorath era in rotta di collisione con la Terra. Anche se è più piccolo della Terra, la sua massa è abbastanza grande da schiacciare la Terra e distruggerla. Una missione inviata per osservare Gorath viene ...

Una barca, partita da Tokyo per l'Europa con cinque uomini e due donne a bordo, fa naufragio. L'equipaggio trova rifugio in un'isola deserta, dove però deve fare i conti con le apparizioni di un mostro: solo più tardi si scoprirà che si tratta di un uomo trasformato in fungo e che tutti i sopravvissuti faranno la stessa fine. Tutti meno uno, che - scampato miracolosamente - finirà in un ospedale psichiatrico.

Mentre Tokyo è ormai ridotta ad un cumulo di macerie, Steve Martin, giornalista americano del United World News, racconta di come la città è stata attaccata da una mostruosa creatura. Il racconto poi torna al presente e segue le operazioni che conducono alla distruzione di Godzilla, sconfitto grazie all'intervento del professor Serizawa, vecchio amico di Steve.

Mentre alcuni scienziati tentano di controllare telepaticamente Godzilla, una stazione della NASA viene attaccata da una strana creatura, molto simile a Godzilla. Il Giappone manda contro questa minaccia il robot Moguera che viene sconfitto facilmente. La creatura atterra su un'isola dove rapisce il piccolo Godzillosauro. Godzilla si lancia alla ricerca del mostro per salvare il piccolo.

Una principessa himalayana viene posseduta dallo spirito di una venusiana, scappata dal suo pianeta prima che venisse devastato dal mostruoso King Ghidorah, potente drago spaziale che viaggia nello spazio che attraversa con un meteorite. La principessa, che qualcuno intende assassinare, cerca di avvertire i potenti della Terra, ma non viene ascoltata. Solo nelle fatine-sacerdotesse di Mothra riesce a trovare un aiuto. In quello stesso momento tuttavia fanno la loro comparsa anche Godzilla e Rodan, che cominciano ad attaccare il Giappone...

Un gruppo di scienziati giapponesi, guidati da Kusumi, si trova da tempo su di un isolotto del Pacifico per effettuare, per conto dell'Onu, un esperimento di ibernazione e verificare pertanto se è possibile per l'uomo mutare le condizioni climatiche nel mondo e rendere così fertili le regioni deserte. Ai ricercatori si aggrega un giornalista, Goro, il quale, benché malvisto all'inizio, riesce poi ad inserirsi nel gruppo. Questi un giorno, durante una passeggiata sulla riva del mare, vede una ragazza, che scompare improvvisamente alla sua vista, e non avendo altre prove la notizia non è creduta dai compagni. Intanto si dà il via all'esperimento, che fallisce per alcune interferenze che impediscono il contatto decisivo. Questi impedimenti sono causati dalle grida di richiamo del figlio di Godzilla, un mostro preistorico racchiuso nel suo uovo che alcune mantidi giganti cercano di rompere.

Strani avvenimenti accadono al largo delle coste del Giappone: alcune navi esplodono e affondano senza apparente motivo. L’epicentro del fenomeno sembra essere nell’isola di Odo. Una notte, qualcosa emerge dall’acqua e semina morte e terrore sull’isola. Una spedizione scopre il responsabile di tutto questo: Godzilla, un gigantesco essere preistorico, che comincia a distruggere alla luce del sole, puntando direttamente al cuore del Giappone.

Seconda guerra mondiale. In Germania alcuni scienziati hanno ideato un progetto per creare una sorta di superuomo da usare contro gli eserciti nemici. Tuttavia il progetto viene rubato dai giapponesi e diversi anni dopo iniziano a crearlo. Per un errore, i pezzi con il quale costruiscono la creatura vengono colpiti dalle radiazioni e le parti si assemblano componendo Il mostro di Frankenstein che, per via della mutazione, cresce a dismisura. Nel frattempo degli archeologi scoprono in un tempio maledetto l'esistenza di un gigantesco mostro, Baragon, che inizia ad attaccare il Giappone. I giapponesi vorrebbero inizialmente distruggere la creatura di Frankenstein, ma poi optano per un'altra soluzione: farlo combattere contro Baragon per sconfiggerlo. La creatura scappa e si incrocia con Baragon: vi è uno scontro violento tra i due nel quale Frankenstein sconfigge Baragon, ma alla fine i due cadono in una crepa finendo a mare.

Nonostante il titolo del film richiami il nome di King Kong, egli non compare realmente nella storia e non è protagonista; il personaggio principale è invece il Titano-Kong. Gli alieni sono nuovamente intenzionati a conquistare la Terra, utilizzando Titanosaurus e una nuova versione del Mechagodzilla. Titano-Kong è stato scoperto dal dottor Mafune, che collabora con gli alieni in quanto essi hanno riportato in vita come cyborg la figlia dello scienziato, Katsura, impiantandole nel cervello i comandi dei due mostri. Titanosauro e MechaGodzilla attaccano Yokosuka, che viene difesa da Godzilla. Ma i due avversari sono troppo forti per Godzilla, che viene sconfitto...

Il Giappone è totalmente gettato nel panico quando alcune navi pescherecce - al largo delle coste - esplodono e affondano senza motivo. All'inizio le autorità pensano si tratti di mine sottomarine, inviate dai governi nemici, oppure un'insolita attività vulcanica sotterranea. Ma presto le autorità si spostano all'isola di Odo, molto più vicino al luogo dove le navi sono affondate...

Con problemi finanziari, un sicario principiante accetta con riluttanza il compito di trovare l'assassino complottato di un magnate giapponese.

Un mostro di enormi dimensioni, Katango, emerge dalle acque delle coste giapponesi con l'obbiettivo di distruggere Tokyo. L'esercito impegna tutte le sue forze per abbatterlo, ma anche i più moderni mezzi non hanno effetto: il mostro ha la capacità di rigenerarsi. Quando tutto sembra perduto, un'altra creatura, uguale a Katango tranne che nel colore, interviene prontamente a difesa degli esseri umani.

Versione rieditata con scene tagliate e altre aggiunte per il pubblico occidentale. Mr. Tako, presidente di un'industria farmaceutica giapponese, viene a sapere dell'esistenza di una sorta di grossa bacca che cresce sull'isola di Farou e che avrebbe effetti curativi miracolosi. Non solo: pare anche che i nativi adorino un enorme scimmione chiamato King Kong, che nella mente perversa di Tako appare già come il testimonial ideale per i suoi prodotti. Trasferito a Tokyo, King Kong dovrà vedersela col mostro Godzilla, riportato accidentalmente in vita da un cataclisma...

Negli anni '70, in Antartide, Godzilla viene fatto cadere dentro un pozzo di ghiaccio da un sottomarino volante col muso a trivella, il Gotengo (già visto in Atragon, film di Ishiro Honda del 1963). A causa di ciò, Godzilla finisce in ibernazione. Nel 2004 l'umanità vive un periodo pacifico: grazie all'attività dell'EDF (Earth Defence Force), munito di armi supertecnologiche come un'intera flotta di Gotengo e di soldati dotati di superpoteri, i mostri che assalivano il mondo da tempo hanno smesso di essere un problema. L'ultimo ad essere distrutto dal Gotengo è il serpente marino Manda (anch'esso visto in Atragon), annientato con il cannone Zero Assoluto. Improvvisamente, in superficie, avviene un simultaneo attacco di tutti i mostri conosciuti, eccetto Godzilla...