Nel 2030 una divisione speciale della polizia giapponese, la sezione nove, affronta casi legati alle tecnologie robotiche, mediche e informatiche, che hanno conosciuto uno sviluppo e una convergenza senza precedenti nella prima metà del XXI secolo. Potenziamenti, cervelli ed interi corpi artificiali estendono le capacità fisiche umane e riducono la comunicazione al pensiero, ma sono al contempo usati per azioni spionistiche, terroristiche e dimostrative, in cui i mass media sono usati come un palcoscenico in cui si riducono i crimini a prodotto, e i criminali in eroi. Nello svolgersi dei 26 episodi, si svolge la losca ed intricata vicenda di un abilissimo hacker, il "Laughing Man" alle prese con rapimenti, informazioni segrete riguardanti le cure per la sclerosi del cervello artificiale, squadre armate e politici corrotti. Alcuni episodi non vi fanno proprio riferimento, o ve ne fanno in modo molto superficiale, e si concentrano su storie svincolate o sull'approfondimento delle caratteristiche e della storia dei vari personaggi, soprattutto Motoko, Batou, Togusa e Aramaki.

Le tre bellissime sorelle Shimabara, Minami, Ushio e Yuuhi, per uno strano scherzo del destino, sono inavvertitamente legate a un gigantesco dio-mostro che proviene da un minuscolo regno insulare nel Pacifico meridionale chiamato Barou. Dopo essere state invitate sull'isola di Barou, le tre ragazze vengono a sapere del destino del loro fratello maggiore scomparso, nonché del fatto che erediteranno questo regno dell'isola in assenza di un erede maschio adatto. Dopo aver visitato l'idolo di Ranga nel profondo della giungla, il trio irritato riesce effettivamente a risvegliare il gigante addormentato dalla sua dormienza. Con questo evento in mente, non è una sorpresa per loro quando il gigantesco colosso Neo Ranga arriva a Tokyo mesi dopo per cercare i suoi tre adorabili padroni. Invece di stendere il tappeto rosso per il loro gigantesco amico, le forze di autodifesa giapponesi srotolano i carri armati e l'artiglieria per fermare l'avanzata del colosso attraverso il centro di Tokyo.

Un gruppo di enigmatici bambini dai capelli bianchi sono stati segnalati più volte in tempi e luoghi diversi in Europa per oltre 500 anni. Sempre con l'aspetto di undicenni, si comportano in modo molto più maturo rispetto alla loro età apparente, non invecchiano mai e sembrano avere poteri soprannaturali; la gente li chiama i "bambini di Befort". Quello che stanno cercando disperatamente è una ragazza di nome Helga, e l'unico indizio che hanno è un'immagine con una falce di luna. Siamo nell'anno 2012 e un ragazzo di nome Tohma sta per essere coinvolto in questo mistero che attraversa i secoli.