C'è un periodo di tempo nascosto tra un giorno e l'altro noto come Dark Hour. Durante questo periodo, il tempo stesso si ferma all'insaputa dell'umanità, i loro corpi vengono trasformati in bare mentre terrificanti mostri, noti come Shadow, girano liberamente. Solo chi ha risvegliato il potere dei Persona può resistere alla Dark Hour. Makoto Yūki è un adolescente orfano che si trasferisce alla Gekkoukan High School a Tatsumi Port Island ed è costretto ad imbattersi subito nella Dark Hour non appena arrivato. Quando la sua nuova residenza al dormitorio Minatodai viene attaccata da un gigante Shadow, Makoto risveglia inaspettatamente il potere del suo Persona e aiuta a respingerne la minaccia. Dopo aver scoperto che i suoi nuovi compagni di dormitorio posseggono anch'essi il potere di evocare i propri Persona, lo invitano ad unirsi ad un club della Gekkoukan chiamato SEES - Squadra Speciale Esecuzioni Extracurriculari, i cui membri hanno un obiettivo: liberare il mondo dagli Shadow.

La battaglia del protagonista e del suo gruppo, il S.E.E.S., contro i mostri chiamati Shadow, si avvicina alla conclusione. In una battaglia tra la vita e la morte, Makoto e i suoi compagni cercano di porre fine alla Dark Hour; nella loro lotta alcuni si trovano ad affrontare la morte di amici e parenti, altri scoprono quali siano le cose importanti da proteggere e qualcuno trova finalmente il senso di questa battaglia. Davanti a Makoto appare Ryouji Mochizuki, il misterioso studente appena trasferitosi e gli ingranaggi del destino iniziano a girare...

"Il tempo della distruzione è vicino e non può essere fermato." Attraverso gli incontri e le separazioni affrontate, Makoto e i suoi compagni sono cresciuti; la loro battaglia potrebbe non essere stata per il bene del mondo ma per se stessi. Indipendentemente da ciò, hanno continuato a combattere, credendo che giorni pacifici li attendessero alla fine di tutto. Un ragazzo però, gli dice che la distruzione è il fato che l'umanità deve affrontare. Una persona che credevano loro amica gli rivela questa terribile verità senza mostrare nessuna emozione sul suo volto. Arriva l'inverno, Makoto prende una decisione così da poter accogliere la primavera che li attende...

Lo special si apre con Bardack intento ad affrontare Freezer per tentare di salvare il pianeta Vegeta, venendo però investito da una Super Nova del tiranno galattico. Successivamente il Saiyan si risveglia su un pianeta sconosciuto che a detta degli abitanti che lo hanno soccorso è chiamato Plant: il guerriero si è infatti ritrovato catapultato a centinaia di anni nel passato su quello che sarebbe poi diventato il pianeta Vegeta.