Nel film, che lancia un importante messaggio ecologista, il protagonista affronta un pericoloso viaggio alla ricerca di sua madre, l’ape regina, rapita dalle vespe. La strada sarà lunga e faticosa, ma il piccolo Magà farà la conoscenza di nuovi amici che impareranno da lui la tenacia, la fedeltà e il coraggio.

Sette anni prima dell'inizio della storia, Lopplc e Morina stavano giocando in un parco. Improvvisamente il pianeta Koya Koya fu investito da un tremendo pianeta che distrusse tutto. Gli abitanti del pianeta furono costretti ad abbandonare il pianeta utilizzando una gigantesca astronave. Tuttavia un improvviso fascio di luce colpisce l'astronave mandandola in avaria. Un secondo fascio di luce colpisce ed uccide lo scienziato (il padre di Morina), che stava tentando di riparare il guasto. Creando un varco dimensionale, una creatura simile ad un coniglio, chiamata Chammy, fugge dall'astronave in cerca di aiuto. Chammy si ritrova a casa di Nobita e chiede quindi aiuto al ragazzo ed a Doraemon, che insieme ai loro amici si recano su Koya Koya per tentare di aiutare Lopplc, Morina e tutti gli altri.