Chinami e le sue amiche hanno formato un'organizzazione chiamata OZ, con il sostegno finanziario del Gruppo Kujo. Il loro obiettivo è integrare pacificamente le persone con abilità di tipo E nella società e opporsi alla Fondazione, un'organizzazione che cerca di catturare e controllare gli utenti di tipo E per i loro misteriosi scopi.

Tanaka Tetsurou è entusiasta di ottenere una borsa di studio per la scuola superiore, finalmente lontano dalla sua famiglia. Quello che non sa è che sarà l'unico ragazzo in una scuola femminile e che c'è una ragazza pazzamente innamorata di lui, in attesa del suo arrivo. Ma una volta arrivato lì fa amicizia con Asuka Yayoi, una ragazza molto carina e dinamica, che però lo porta anche a mettersi nei guai con le potenti leader del consiglio studentesco, dato che sono in guerra con Asuka e le sue cinque amiche, un gruppo di amazzoni guerrieri chiamato Koi Koi Seven.

La storia si svolge in un futuro prossimo, in un luogo chiamato Paradise City. Grazie alla Leo Corporation, guidata da Declan Akaba, il nuovo sistema della Solid Vision, il sistema olografico che dà vita al gioco di carte dei Duel Monsters, rende reali i mostri e gli ambienti, permettendo ai giocatori di interagire direttamente con loro. Questa nuova tecnologia ha dato vita agli "Action Duels", in cui i duellanti possono attraversare vari ambienti per individuare delle speciali carte magie e trappole chiamate "Carte Action". La storia segue Yuya Sakaki, uno studente al secondo anno di scuola media nonché uno studente della scuola di duelli "You Show Duel School" di Paradise City fondata da suo padre, il quale scomparve tre anni prima nel momento in cui doveva sostenere un duello importante.

Nanami Takahashi inizia con tante aspettative il suo primo anno di scuola superiore, vuole avere quanti più amici possibile. Scopre che tra le coetanee del suo istituto è molto popolare un ragazzo della sua classe, Motoharu Yano, ma il rapporto iniziale con questo giovane risulta particolarmente conflittuale. Takahashi non sopporta gli atteggiamenti di Yano in classe e inizia a detestarlo fino a quando un incontro sul tetto della scuola...