La storia d'azione della "battaglia scolastica definitiva" ruota attorno agli Hundred, avanzatissimi mezzi da combattimento e unica arma efficace contro i "Savage", nuovi e non ultimi aspiranti invasori del globo terracqueo. Il protagonista, Hayato Kisaragi, si reca sulla nave-città-accademia Little Ship, per frequentare l'accademia militare e diventare un pilota di Hundred. Qui incontra una bella ragazza dai capelli argentati di nome Emil Crossford che pare riconoscerlo ma Hayato non sembra ricordarsi di lei. Ma non c'è molto tempo per indagare sulla cosa, poiché Hayato viene presto sfidato dalla "Regina" dell'accademia, la bionda Claire Harvey.

I Seven Deadly Sins erano un gruppo di sette cavalieri, considerati i più forti della regione della Britannia, ognuno dei quali rappresentava uno dei sette peccati capitali, per via di una colpa da loro commessa in passato. Il gruppo fu tuttavia sciolto dopo aver ordito apparentemente una cospirazione allo scopo di rovesciare il regno di Lionesse (リオネス王国 Rionesu ōkoku?), uccidendo l'allora Gran Cavaliere Sacro, Zaratras. La loro presunta sconfitta avvenne per mano dei Cavalieri Sacri (聖騎士 Seikishi?) del regno. I sette si dispersero e su di loro venne messa una taglia, ma col passare del tempo iniziò a girare voce che in realtà questi sette guerrieri leggendari fossero ancora in vita. Dieci anni dopo, i Cavalieri Sacri organizzano un colpo di Stato catturando il re, diventando così i nuovi governanti tirannici del paese. Elizabeth, la figlia più giovane del re, non ha quindi altra scelta che fuggire dal castello reale e mettersi alla ricerca dei Seven Deadly Sins, con la speranza che siano davvero ancora vivi e che siano disposti ad aiutarla.