la trama di Saintia Sho vede la reincarnazione terrena della Dea greca Atena minacciata da divinità a lei ostili e protetta da un gruppo di guerrieri a lei fedeli detti Saint con lo scopo di proteggere il pianeta Terra da tali entità.

Natsume Takashi ha la capacità di vedere gli spiriti, ha tenuto il segreto a lungo. Tuttavia, una volta ereditato uno strano libro che apparteneva alla sua defunta nonna, Reiko, scopre il motivo per cui gli spiriti lo circondano.

Tre yōkai: Bem, Bera e Bero arrivano in una grande città costiera avvolta da un'atmosfera malvagia causata dal comportamento immorale degli umani, dal caos provocato da alcuni mostri e da altri yōkai. I tre decidono di stabilirsi nella metropoli per difendere gli umani dagli attacchi dei mostri e degli yōkai; ciò nonostante vengano discriminati ed emarginati da essi per via del loro aspetto mostruoso. Si impegnano a fondo nella speranza che le loro buone azioni un giorno siano ripagate con una trasformazione in esseri umani. Per ottenere il loro obiettivo dovranno affrontare molti mostri, ma lungo la strada avranno anche modo di conoscere molti nuovi amici, che li accetteranno per quello che sono.

Seiya e i Cavalieri dello Zodiaco tornano a proteggere la reincarnazione della Dea Atena, ma una profezia oscura incombe su di loro.