El Topo decide di affrontare Maestri guerrieri in un viaggio trans-formativo nel deserto che inizia con suo figlio di 6 anni, che deve seppellire i suoi totem d'infanzia per diventare un uomo. El Topo (la talpa) afferma di essere Dio, mentre si veste da pistolero in nero, cavalcando un cavallo attraverso un paesaggio spirituale mistico disseminato di vecchi film western e antichi simboli religiosi orientali. I banditi hanno massacrato un villaggio sul suo cammino, così El Topo vendica il massacro, poi con la forza prende la donna del suo capo Mara come sua. La via surreale di El Topo è sanguinaria, sessuale e auto-riflessiva, medita sui suoi stessi demoni, mentre cerca di sconfiggere quelli che incontra.

Un bandito e uno sceriffo si fermano in una fattoria e accettano di aiutare il proprietario a condurre una mandria nel Texas. La moglie dell'uomo aveva avuto una relazione col bandito che s'innamora della figlia; al termine del viaggio scoprirà che è una sua creatura e, sconvolto, cercherà la morte per mano dello sceriffo.