In una emblematica e repressa nazione latinoamericana, un giovane ladro e nove potenti ricorrono a un alchimista perché li faccia partecipi del segreto dell'immortalità. Devono raggiungere nove saggi che da tremila anni vivono in cima a una mitica montagna... Frutto di una cultura sincretica in cui sembra di ravvisare le tracce lasciate da Buñuel, Dalí, Fellini, Topor e Arrabal insieme, questo film surreale e simbolista può sconcertare o avvincere.

Il giovane Fando e la sua ragazza Lis si mettono in viaggio per raggiungere Tar, il paese della felicità e dell'amore. Lis è paralitica e Fando si trascina su una carrozzella o se la carica sulle spalle. Ma il viaggio è lungo e popolato di strani personaggi: Fando decide allora di abbandonare Lis e di proseguire da solo. Ma le suggestioni sono troppo forti. Fando, allora, torna da Lis.

El Topo decide di affrontare Maestri guerrieri in un viaggio trans-formativo nel deserto che inizia con suo figlio di 6 anni, che deve seppellire i suoi totem d'infanzia per diventare un uomo. El Topo (la talpa) afferma di essere Dio, mentre si veste da pistolero in nero, cavalcando un cavallo attraverso un paesaggio spirituale mistico disseminato di vecchi film western e antichi simboli religiosi orientali. I banditi hanno massacrato un villaggio sul suo cammino, così El Topo vendica il massacro, poi con la forza prende la donna del suo capo Mara come sua. La via surreale di El Topo è sanguinaria, sessuale e auto-riflessiva, medita sui suoi stessi demoni, mentre cerca di sconfiggere quelli che incontra.