Alice Kingsleigh ha trascorso gli ultimi anni seguendo le impronte paterne e navigando per il mare aperto. Al suo rientro a Londra, si ritrova ad attraversare uno specchio magico, che la riporta nel Sottomondo dove incontra nuovamente i suoi amici il Bianconiglio, il Brucaliffo, lo Stregatto e il Cappellaio Matto che sembra non essere più in sé. Il Cappellaio ha perso la sua Moltezza, così Mirana manda Alice alla ricerca della Chronosphere, un oggetto metallico dalla forma sferica custodito nella stanza del Grand Clock che regola il trascorrere del tempo. Tornando indietro nel tempo, incontra amici – e nemici – in diversi momenti della loro vita e inizia una pericolosa corsa per salvare il Cappellaio prima dello scadere del tempo.

Nel 1794, Victor Frankenstein (Kenneth Branagh) viene recuperato sulla banchisa polare dal capitano Walton (Aidan Quinn) che lo fa portare a bordo della sua nave e ne ascolta il racconto. Frankenstein, dopo una serena infanzia nella natia Svizzera, aveva studiato a Ingolstadt e, stretto amicizia con Henry Clerval (Tom Hulce), si era dedicato alla realizzazione del suo sogno: creare un essere vivente. Riuscitoci, aveva dovuto prendere atto che il mostro (Robert De Niro) gli provocava solo orrore e perciò l’aveva ripudiato. Ma la creatura si era rivelata vendicativa.

Londra, 13 ottobre 1993. Mentre tutto il paese è in spasmodica attesa della partita di calcio, che si giocherà in serata fra la nazionale dei 'bianchi' e l'Olanda (determinante per la qualificazione ai mondiali americani dell'anno successivo) la guerra nella ex Jugoslavia è giunta al suo culmine. La città di Srebrenica è sotto assedio e le Nazioni Unite si stanno organizzando per portare aiuto ai profughi rimasti intrappolati. Su un autobus londinese si incontrano un serbo ed un croato. Riconoscendosi come profughi di etnie diverse rinnovano il loro astio scatenando una grottesca rissa.