Squadra speciale Lipsia ruota attorno a quattro agenti, parte di una squadra speciale della polizia, che intervengono nelle situazioni più critiche e pericolose. Alla guida del nucleo operativo c'è il commissario capo Hajo Trautzschke, intelligente e caparbio, che ha perso la moglie in un incidente e vive in una villetta alla periferia di Lipsia con la figlia Leni. Jan Maybach, funzionario del Dipartimento Federale della Polizia Criminale di Colonia, è un profiler che si trasferisce a Lipsia dopo la separazione dalla moglie Anja con il figlio di nove anni Benni. Ina Zimmermann, fredda e determinata, si prende cura del fratello minore Tobias dopo la prematura morte dei genitori, mentre il commissario Miguel Alvarez, entrato in squadra per ultimo, ha scarsa esperienza e affronta i casi impulsivamente

I Grani di pepe sono un gruppo di amici, generalmente cinque, che si diverte a indagare e risolvere casi criminali, ficcandosi spesso nei guai. Il loro quartier generale è un magazzino di spezie nella Speicherstadt di Amburgo e le indagini che intraprendono sono di tutti i tipi: esse svariano infatti da episodi di bullismo e violenza all'interno della loro scuola a casi di traffico internazionale di animali protetti o sostanze stupefacenti, da casi di spionaggio industriale o di furto di oggetti di valore fino ad arrivare a problemi sociali legati a episodi di razzismo e omofobia. Il nome del gruppo e della serie deriva sia dal luogo che i piccoli detective utilizzano come base per le loro indagini, che, soprattutto, dal soprannome con cui venivano storicamente chiamati i mercanti provenienti da Amburgo, ossia Pfeffersäcke (sacchi di pepe).