Yuri Mito è un adolescente giapponese che vive, assieme alla sua famiglia, in un santuario. Una sera, assieme a due amici, scopre una stele sacra in cui era imprigionata una divinità antichissima; sfortunatamente il sigillo posto su questa stele si spezza e da essa fuoriescono un gran numero di spiriti, i cosiddetti Tayuti, di cui tre risulteranno essere particolarmente cattivi. Liberatasi dal vincolo della stele, per proteggere Mito dai Tayuti la dea deciderà addirittura di sposarlo.

Nagisa Aoi è una nuova studentessa trasferita in una delle tre prestigiose scuole superiori cattoliche femminili di Astraea Hill: una scuola chiamata St.Miator (le altre due sono St. Spica e St. Lelim). Mentre si perde completamente il primo giorno, inciampa in una radura con un albero, e anche in una ragazza con lunghi capelli argentati. Nagisa viene immediatamente colpita dalla ragazza, Shizuma Hanazono, altrimenti conosciuta come l'Etoile di le tre scuole (la ragazza più idolatrata). Shizuma, dopo aver raccolto una statuina lasciata da Nagisa, la bacia sulla fronte, facendola svenire. Dopo essersi svegliata nell'infermeria della scuola, Nagisa incontra il suo nuovo compagno di stanza, Tamao Suzumi. Le cose, tuttavia, diventeranno molto più complicate per il nuovo studente di questo.

Nel cuore dell'Italia, l'Agenzia per la Previdenza Sociale salva le ragazze dai letti d'ospedale e offre loro una seconda possibilità di vita utilizzando le ultime innovazioni cibernetiche. Con i loro corpi artificialmente potenziati, le ragazze vengono sottoposte a lavaggio del cervello e addestrate come assassine per svolgere il lavoro sporco del governo italiano. Nonostante tutte le modifiche, sono ancora solo bambini nel cuore, che lottano per il riconoscimento da parte di coloro che amano, pur sapendo che l'amore che provano è fabbricato. Questa tragica storia si svolge mentre queste ragazze sono alle prese con le loro emozioni in un'agenzia che le tratta come nient'altro che spietate assassine.

Shirou Emiya è un normale studente che viene improvvisamente trascinato in una guerra per ottenere il Santo Graal, un oggetto capace di esaudire qualunque desiderio. Tutti i partecipanti devono usare spiriti eroici chiamati Servant per combattere tra di loro, tuttavia, dato che Shirou è un novizio e privo delle abilità magiche necessarie, deve unirsi a Rin Tohsaka per sopravvivere le battaglie. Questa è solo una soluzione temporanea, dato che Archer, il Servant di Rin, detesta Shirou per qualche sconosciuta ragione.

In questa serie vengono narrati gli avvenimenti occorsi durante la Quarta Guerra per il Sacro Graal nella città di Fuyuki. In questa guerra, sette maghi chiamati Master sono accompagnati da sette Spiriti di Eroi passati: i Servant. L'unico scopo è contendersi il Sacro Graal, che si dice possa esaudire un desiderio, qualunque esso sia, al vincitore. Gli Einzbern, fondati secoli prima dalle famiglie Einzbern, Matō e Tohsaka, dopo tre tentativi falliti desiderano a tutti i costi impadronirsi del Sacro Graal; decidono quindi di arruolare l'odiato magus killer, Kiritsugu Emiya, nonostante non siano ben visti i suoi discussi metodi d'azione e l'ormai consolidata reputazione di mercenario e assassino spietato: si dice che impieghi qualsiasi mezzo necessario per raggiungere i propri obbiettivi.

Masaki Kenshi è stato evocato nel misterioso mondo di Geminar, e la sua unica speranza di tornare sulla Terra è pilotare un'arma bio-meccanica di nome Seikijin al fine di assassinare la neo-regina di Shitoreiyu, Lashara Aaso. Quando la missione fallisce e Kenshi viene catturato, scopre di essere stato ingannato da quelli che gli avevano affidato questo incarico e che poi erano gli stessi che lo avevano evocato in questo strano nuovo mondo. Fortunatamente, la principessa Lashara perdona Kenshi e lo invita a vivere nel suo regno per sviluppare le sue doti di pilota e per poi aiutarla nell'imminente guerra.

Alla fine di un lungo e dolce pendio, c'è una scuola per cameriere dove le giovani donne vengono con i loro sogni per diventare grandi cameriere. Akihito Niitsu ottiene un contratto per formare quattro studenti problematici. La sua missione è far diplomare tutte queste future cameriere fallite. Inizia un anno di tumulto per Akihito e per i suoi emarginati.