Squadra speciale Lipsia ruota attorno a quattro agenti, parte di una squadra speciale della polizia, che intervengono nelle situazioni più critiche e pericolose. Alla guida del nucleo operativo c'è il commissario capo Hajo Trautzschke, intelligente e caparbio, che ha perso la moglie in un incidente e vive in una villetta alla periferia di Lipsia con la figlia Leni. Jan Maybach, funzionario del Dipartimento Federale della Polizia Criminale di Colonia, è un profiler che si trasferisce a Lipsia dopo la separazione dalla moglie Anja con il figlio di nove anni Benni. Ina Zimmermann, fredda e determinata, si prende cura del fratello minore Tobias dopo la prematura morte dei genitori, mentre il commissario Miguel Alvarez, entrato in squadra per ultimo, ha scarsa esperienza e affronta i casi impulsivamente

Si raccontano le vicende del gruppo di polizia "distretto 21" di Amburgo, in preda ai casi più difficili e sconvolgenti.

La protagonista della serie, la dottoressa Filipa Wagner, vuole iniziare una nuova vita alle Mauritius e liberarsi del passato. Il direttore dell'hotel Kulovits assume la dottoressa per fornire la migliore assistenza medica ai propri ospiti. Non gli piace che Filipa usi le strutture mediche dell'hotel anche per i malati del posto. Quando un dipendente dell'hotel è rimasto gravemente ferito, Filipa incontra il primario dell'ospedale Daniel Bucher. Successivamente, Filipa e Daniel combattono ripetutamente insieme per la vita dei loro pazienti