Magneto (Ian Mckellen) è relegato nella prigione di plastica, ma le minacce per la sicurezza degli X-Men non sono finite. Un mutante sembra macchiarsi di un crimine gravissimo; l'attentato alla vita del presidente degli Stati Uniti. Quell'uomo è Kurt Wagner (Alan Cumming), alias Nightcrawler. L'attentato scatena una campagna persecutoria nei confronti degli X-Men; il generale Striker viene incaricato di colpire il male alla radice e prepara in imboscata alla scuola speciale del dottor Xavier (Patrick Stewart).

Sull'Enteprise l'equipaggio sta celebrando le nozze tra Deanna Troi e William Riker. Improvvisa giunge la chiamata della Flotta Stellare che incarica l'Enteprise di recarsi in missione di pace presso i Romulani, nemici storici, dove un colpo di stato ha portato al potere un nuovo imperatore. Le cose in realtà sembrerebbero mettersi al meglio, visto che lo stesso non fa che lanciare proclami di pace. Ma il comandante Picard troverà ben presto le prove dell'esistenza di un'arma capace di distruggere l'intera Terra. E quel che è peggio scoprirà la non rassicurante origine dell'usurpatore...

Logan torna dagli X-Men, riuniti da Charles Xavier per combattere una guerra contro le feroci Sentinelle che minacciano di distruggere i mutanti e lo stesso Magneto. Per evitare che il conflitto abbia inizio, Logan viene spedito indietro nel tempo e suo compito sarà quello di modificare la storia e salvare il futuro.

Mentre il senatore Kelly si rivolge a una commissione del Senato sulla presunta minaccia dei mutanti, apprendiamo la realizzazione del film X-Men.