Strani avvenimenti accadono al largo delle coste del Giappone: alcune navi esplodono e affondano senza apparente motivo. L’epicentro del fenomeno sembra essere nell’isola di Odo. Una notte, qualcosa emerge dall’acqua e semina morte e terrore sull’isola. Una spedizione scopre il responsabile di tutto questo: Godzilla, un gigantesco essere preistorico, che comincia a distruggere alla luce del sole, puntando direttamente al cuore del Giappone.

Un certo numero di misteriani provenienti dal pianeta Misteroid, che dista dal nostro migliaia di anni luce, sbarca sulla Terra per tentare d'impossessarsene: gli stranieri vengono anche in cerca di mogli, giacchè la loro razza sta per estinguersi per mancanza di donne. Lo scienziato Schiraischi invia alla sua università un tempestivo e dettagliato rapporto su questi strani esseri. Dal tenore dello scritto il redattore Joi comprende che lo scienziato mantiene delle relazioni coi misteriani, dei quali favorisce la venuta. L'arrivo degli stranieri è accompagnato da calamità naturali, e il loro dichiarato proposito d'impadronirsi di un certo numero di donne induce le varie nazioni della Terra ad unire le loro forze per cacciare gli invasori.

Il Giappone è totalmente gettato nel panico quando alcune navi pescherecce - al largo delle coste - esplodono e affondano senza motivo. All'inizio le autorità pensano si tratti di mine sottomarine, inviate dai governi nemici, oppure un'insolita attività vulcanica sotterranea. Ma presto le autorità si spostano all'isola di Odo, molto più vicino al luogo dove le navi sono affondate...

Mentre Tokyo è ormai ridotta ad un cumulo di macerie, Steve Martin, giornalista americano del United World News, racconta di come la città è stata attaccata da una mostruosa creatura. Il racconto poi torna al presente e segue le operazioni che conducono alla distruzione di Godzilla, sconfitto grazie all'intervento del professor Serizawa, vecchio amico di Steve.

1996: Birth Island, residenza del re dei mostri, viene distrutta misteriosamente. Contemporaneamente il mostro Godzilla, con la pelle ricoperta di ferite ardenti, attacca la città di Hong Kong. Lo studente Kenichi Yamane, nipote adottivo del professor Yamane, ritiene che Godzilla non sia più in grado di contenere le reazioni nucleari all'interno del suo corpo: se la potenza di Godzilla eruttasse completamente fuori, l'esplosione conseguente distruggerebbe l'intero Giappone, in altre parole, Godzilla si è trasformato in una bomba atomica ambulante. Per impedire ciò, la G-Force inizia a studiare gli effetti del Micro Oxigen, simili a quelli dell'Oxigen Destroyer, la bomba che neutralizzò Godzilla nel 1954. Intanto nelle fogne di Tokyo e in un acquario cominciano a svilupparsi strane creature simili a crostacei, in grado di emettere Micro Oxigen. Si ritiene che gli animali siano stati creati dal Distruttore d'Ossigeno più di quarant'anni prima.