Anno 2199. La razza umana è stata costretta a ritirarsi nel sottosuolo a causa della radioattività presente in superficie. Nello spazio intanto si confrontano la flotta terrestre e quella del pianeta Gamilas per la supremazia. All'improvviso una capsula aliena colpisce la Terra ed un messaggio, inviato dalla regina aliena Starsha, avvisa gli umani che, se entro un anno non si recheranno sul pianeta Iscandar per recuperare una speciale macchina, la razza umana si estinguerà a causa delle radiazioni. Il destino della Terra è in mano all'ammiraglio Okita con la prodigiosa corazzata Yamato ed il suo coraggioso equipaggio.

Sono passati due anni dalla fine della prima serie TV, ed Edward si trova ora in un mondo simile al nostro, precisamente nella Germania del 1923, e sta cercando in tutti i modi di tornare ad Amestris. Nel tentativo di tornare a casa, tuttavia, Ed ha attirato l'attenzione della Società di Thule, intenzionata ad aprire un portale per la leggendaria Shamballa, che cercherà in tutti i modi di impossessarsi dei risultati delle sue ricerche.

Nel Regno dei Diamanti il Diamante Cuore si sta lentamente spegnendo: la piccola Diancie, potente Pokémon ancora inesperto, non dispone ancora dei poteri sufficienti per crearne uno nuovo. Sarà necessaria una missione nella All-Earth Forest per incontrare il Pokémon della Vita, Xerneas, e incrementare così i propri poteri. Il viaggio desta però l'attenzione del Team Rocket, ingolosito dal potere di Diancie, ma non è il solo pericolo a cui la principessa sarà esposta.