Donatello, Raffaello, Michelangelo e Leonardo, le quattro tartarughe abili nelle arti marziali e nel trangugiare pizze, vivono a New York a casa della giornalista April. Il malvagio Shredder vuole costruirsi una propria armata di mutanti utilizzando lo stesso fluido che anni prima aveva dato origine anche alle tartarughe ninja. Allo scopo sequestra uno scienziato.