In un tempo passato, Hoopa Libero invoca i Pokémon leggendari Kyogre, Groudon, Reshiram, Zekrom e Regigigas grazie ai suoi anelli, causando la parziale distruzione di una città. Viene tuttavia bloccato da un uomo che intrappola la diabolica forma all'interno di una bottiglia. Lo stesso oggetto viene ritrovato un secolo dopo all'interno di una grotta. Mentre Ash Ketchum e i suoi amici si trovano nella città che ha rischiato la distruzione molti anni prima, s'imbattono in Hoopa che mostra i suoi poteri: davanti agli occhi increduli dell'allenatore. Nello stesso luogo giunge una persona che, utilizzando la bottiglia, è in grado di trasformare Hoopa, scatenando le sue pulsioni distruttive. Vedendo gli effetti della bottiglia sul Pokémon leggendario, il Team Rocket decide di impadronirsene: il loro intervento porterà alla creazione di un Hoopa Libero e alla rottura dell'oggetto magico. Le due forme di Hoopa si trovano quindi a combattere, aiutate dalle varie forme di Pokémon leggendari.

Ash si imbatte nel Pokémon misterioso Volcanion, che piomba improvvisamente dal cielo in una nuvola di polvere e subito una forza arcana e potente li unisce! Lo sprezzante Pokémon sarà costretto a portare con sé il ragazzo nella missione di soccorso che ha intrapreso. #I due arrivano in una città fatta di ingranaggi, dove un ministro corrotto si è impossessato di una straordinaria invenzione: il Pokémon Artificiale Magearna, creato dagli uomini 500 anni fa. L'infido ministro vuole assumere il controllo del regno meccanico servendosi del potere misterioso di questo Pokémon.

Il Ninja malvagio Mukade sta per essere catturato da Naruto e il suo team quando convoca il potere delle Linee Temporali – un antico canale sotterraneo del chakra. Naruto viene imprigionato dal chakra e rispedito indietro nel tempo nella città di Loran, conosciuta per le sue mille torri. Lì incontra il futuro Quarto Hokage, Minato Namikaze, in una missione top-secret e la Regina di Loran, Sara, il cui governo è minacciato da Mukade. Riuscirà Naruto a tornare nel suo tempo e può un incontro casuale nel passato salvare il futuro?

L'incredibile viaggio del giovane Jun, catapultato in un passato misterioso, popolato di mostri, draghi e governato da poteri occulti. Il ragazzo ancora non lo sa, ma nel suo destino è scritto che dovrà combattere il male e assicurare l'armonia e la serenità nel mondo.

Pikachu e i suoi amici Pokémon incontrato Klefki, un Pokémon che porta con sé le chiavi di accesso ai mistici mondi dei Pokémon misteriosi!

C'è uno scontro tra i Pokémon leggendari Dialga e Giratina in un universo parallelo: il Mondo Inverso. Nella sfida viene anche trascinato, contro il suo volere, Shaymin, il Pokémon Gratitudine. Shaymin tramite la mossa Infuriaseme, un attacco che assorbe tutte le polveri e i detriti grazie ai fiori che crescono sulla schiena del Pokémon, apre un varco verso il Mondo Reale e viene trascinato dal vortice, seguito a ruota da Dialga, riuscitosi a liberare dalla morsa di Giratina. Quest'ultimo tenta di seguire Dialga oltre il portale, ma invano poiché è stato intrappolato in un "ciclo temporale".

Nel Regno dei Diamanti il Diamante Cuore si sta lentamente spegnendo: la piccola Diancie, potente Pokémon ancora inesperto, non dispone ancora dei poteri sufficienti per crearne uno nuovo. Sarà necessaria una missione nella All-Earth Forest per incontrare il Pokémon della Vita, Xerneas, e incrementare così i propri poteri. Il viaggio desta però l'attenzione del Team Rocket, ingolosito dal potere di Diancie, ma non è il solo pericolo a cui la principessa sarà esposta.