Quando una banda di criminali stermina un’intera famiglia lasciando in vita solo una donna - dopo averla violentata - quest’ultima cova un unico forte sentimento: la vendetta. Fa in modo di rimanere incinta e, benché non sopravviva al parto in un carcere femminile, si assicura che Yuki, la sua bambina, venga cresciuta come una perfetta assassina...

Ad Okinawa circola una profezia: un giorno arriverà un immenso mostro che rischierà di distruggere la Terra, ma sarà fermato dall'intervento di altri due mostri. La profezia sembra avverarsi quando Godzilla senza motivo attacca il Giappone, arrivando anche a ferire gravemente Angilas, suo compagno in tante battaglie. Nessuno sa spiegarsi tale cambiamento, finché non compare un secondo Godzilla, che attacca il primo smascherandolo: si tratta di Mechagodzilla, gigantesco automa che riproduce le fattezze del Godzilla originale, ed è stato costruito da una civiltà aliena per conquistare la Terra.

Nonostante il titolo del film richiami il nome di King Kong, egli non compare realmente nella storia e non è protagonista; il personaggio principale è invece il Titano-Kong. Gli alieni sono nuovamente intenzionati a conquistare la Terra, utilizzando Titanosaurus e una nuova versione del Mechagodzilla. Titano-Kong è stato scoperto dal dottor Mafune, che collabora con gli alieni in quanto essi hanno riportato in vita come cyborg la figlia dello scienziato, Katsura, impiantandole nel cervello i comandi dei due mostri. Titanosauro e MechaGodzilla attaccano Yokosuka, che viene difesa da Godzilla. Ma i due avversari sono troppo forti per Godzilla, che viene sconfitto...

15 Agosto 1945. Dopo lo sganciamento dell’atomica su Berlino, Stati Uniti e Giappone vincono la seconda Guerra Mondiale. Il Grande Impero dell’Estremo Oriente, l’altro nome dell’Impero Giapponese, si estende in tutta l’Asia Orientale. Il Giappone è la seconda potenza mondiale dopo gli Stati Uniti, nonostante la presenza di un forte movimento terroristico anti-governativo.