Il Ministero del Tempo è un'istituzione governativa segreta che dipende direttamente dal Capo del governo spagnolo. Solo i monarchi, i capi del governo e un numero ridotto ed esclusivo di persone conoscono la sua esistenza. Il passaggio tra le varie epoche si effettua attraversando delle porte sorvegliate dalle pattuglie del ministero. L'obiettivo è quello di scoprire e impedire che qualsiasi intruso del passato giunga al nostro presente — o viceversa — col fine di cambiare la Storia a suo vantaggio. Per realizzarlo, le pattuglie dovranno viaggiare nel passato interagendo con vari personaggi storici. All'interno del ministero lavorano molte persone appartenenti a epoche diverse. Il trio protagonista è formato da Julián Martínez (Sancho), Amelia Folch (Garrido) e Alonso de Entrerríos (Fresneda). Julian è un'infermiere del SAMUR che entra nel Ministero dopo aver perso sua moglie in un incidente stradale, che gli causa un grande dolore. La sua poca preoccupazione di rimanere in vita è la sua più grande qualità. Amelia è una donna del diciannovesimo secolo che diventa il cervello del gruppo grazie alla sua intelligenza, alla conoscenza della storia e della letteratura spagnola ed alla sua memoria fotografica. Infine, Alonso è un soldato siciliano del sedicesimo secolo, che ha alcuni vecchi valori, ma che è un perfetto stratega e fedele alla causa. Altri personaggi ricorrenti saranno Irene Larra (Cayetana Guillén Cuervo), una donna scettica degli anni '30; Ernesto Jiménez (Juan Gea), funzionario solitario; Salvador Martí (Jaime Blach), sottosegretario alle missioni speciali; e Lola Mendieta (Natalia Millán), una spia per i francesi durante la seconda guerra mondiale.

Feria, Andalusia, metà degli anni '90. Due sorelle, Eva e Sofia, scoprono che i loro genitori scomparsi sono in realtà due mostri che, prima di scomparire, hanno commesso un orrendo crimine che è costato la vita a 23 vittime. Le due sorelle devono affrontare le conseguenze del comportamento dei loro genitori in una città dove i suoi abitanti non sono così ingenui come sembrano e la realtà nasconde un universo fantastico.

Caronte ci farà pensare alla giustizia, alla presunzione di innocenza e alla verità. Parla anche di seconde possibilità e di come un uomo è in grado di reinventarsi e rimettere insieme la propria vita. I diversi casi non influenzeranno solo la vita personale di Caronte, ma, episodio dopo episodio, faranno evolvere e crescere il nostro protagonista.