Lasciando la sua casa di provincia, l'adolescente Mutsuko arriva a Tokyo in treno per accettare un lavoro in un'importante azienda automobilistica, ma scopre di essere impiegata in una piccola officina di riparazioni auto di proprietà di Norifumi Suzuki. L'irascibile Suzuki è in qualche modo tenuta sotto controllo dall'istinto materno di sua moglie, Tomoe, e il suo giovane figlio Ippei si lega immediatamente a Mutsuko come se fosse sua sorella maggiore. Il negozio Suzuki si trova quasi all'ombra della Tokyo Tower mentre si erge costantemente sopra lo skyline durante la costruzione nel 1958.

Hideki Satomi legge su un ritaglio di giornale che sua figlia Nana morirà e non riesce a fare nulla per impedirlo. Dopo la tragedia acquisisce facoltà paranormali e cerca di salvare la vita di coloro che lo circondano, in modo da cambiare il corso degli eventi e di conseguenza anche il proprio passato.

Un nuovo enigma attende il professor Layton e Luke, quando la giovane cantante Janice Quatlane confida loro di aver visto il fantasma della sua migliore amica defunta. Un gentiluomo come il professor Layton non puo’ lasciare una signora in difficoltà…

Un gruppo di studenti giapponesi va in gita in Corea. Durante il viaggio, due ragazze rimangono vittime di atti di bullismo da parte dei ragazzi. Al rientro, mentre Pam si impicca pronunciando prima il nome della persona che l'ha spinta a tanto, Asuka pianifica la sua tremenda vendetta. Da quel momento i responsabili delle violenze riceveranno per telefono un messaggio di morte che li costringerà a scegliere tra l'essere uccisi o condannare a morte qualcun altro il cui numero è presente nella rubrica dei loro cellulari. Una ragazza di nome Emiri intuisce chi c'è dietro alle chiamate e prova a porre fine al ciclo mortale.

Nobita trova una piccola piantina abbandonata in un'area abbandonata, e decide di portarla a casa. Tuttavia sua madre chiede a Nobita di non piantarla nel giardino di casa, perché non avrebbe lo spazio necessario per crescere. A questo punto, il ragazzo chiede aiuto a Doraemon che utilizza uno speciale gadget tecnologico che permette alle piante di potersi muovere liberamente senza dover piantare le proprie radici nel terreno. Battezzata "Ki-bo", la piccola creatura verde trascorre tranquillamente i propri giorni giocando con Nobita ed i suoi amici, fino al giorno in cui l'intero gruppo non viene improvvisamente trasportato su un altro pianeta governato da una società di esseri vegetali. Doraemon e gli altri, qui scopriranno che gli essere vegetali vogliono portare via dalla Terra tutte le piante, perché trattate troppo male dall'umanità. Doraemon e Nobita dovranno fare di tutto per salvare la Terra.