La nuova avventura che coinvolgerà il giovane duellante inizia con Yugi che si imbarca per l'India, assieme ai suoi amici fidati Joey, Tea e Tristan. L'aereo però precipita prima di arrivare alla meta, in un'area dove Yugi scopre essere scomparso precedentemente il nonno, partito per una misteriosa spedizione. Yugi si lancia alla sua ricerca, esplorando una imponente piramide, dove verrà catapultato assieme al suo gruppetto di amici duellanti in un nuovo universo: il mondo di Capsule Monsters.