Nel 1999 un'astronave aliena si schianta su un'isola della Terra. Temendo un'invasione aliena, l'astronave viene ricostruita per renderla ammiraglia di una flotta basata sulla nuova tecnologia acquisita. 10 anni dopo, nel giorno dell'inaugurazione della nuova astronave, ribattezzata Super Dimensional Fortress 1 Macross, un meccanismo di autodifesa della nave si attiva inaspettatamente, sparando una cannonata interplanetaria che distrugge alcune navi aliene in orbita intorno alla terra e attirando quindi l'attenzione degli Zentradi, un popolo dedito alla guerra. La flotta aliena attacca quindi la terra. Per allontanare il pericolo dal pianeta, Macross caricherà a bordo gli occupanti dell'isola (diventando quindi una città volante) e farà una piega spazio-temporale (un wormhole); l'astronave uscirà dalla piega per sbaglio nei pressi di Plutone ritrovandosi sola contro una gigantesca flotta di nemici.

Ispirata molto liberamente al romanzo Le avventure di Alice nel Paese delle Meraviglie di Lewis Carroll. Contrariamenrte però a quest' ultimo, in questa serie Alice "ritorna a casa" al termine di ogni avventura, accompagnata da Benny Bunny, il nipotino del Coniglio Bianco (il goffo araldo della Regina di Cuori), che le ha aperto le porte del Paese delle Meraviglie. Ogni puntata infatti si apre con la protagonista che vive un suo fatto di vita quotidiana (lezioni scolastiche, discussioni e litigi con i familiari) nella vita reale, finché non si addormenta e si ritrova a dover affrontare nuove avventure nel Paese delle Meraviglie.

Cthulhu, il pianeta del popolo alieno Cutowolf è stato distrutto, ed i pochi sopravvissuti vagano per lo spazio a bordo di una astronave alla ricerca di una nuova patria, guidati da Sir Violet, la cui mente è a sua volta controllata da Big Gold. Il loro obiettivo diventerà il pianeta Terra, i cui abitanti saranno sostituiti gradualmente, affinché la guerra non distrugga l'ambiente. Iczer One un androide che per poter combattere ha bisogno di un partner terrestre. L'androide lo troverà nella riluttante Nagisa Kano, che ha perso i propri genitori durante l'invasione Cutowolf.